改革开放和市场经济的不断发展，培育了社会的独立性和自主性,广大乡村社会由于家庭联产承包责任制的推行和村民自治制度的实施而获得了行使民主权利的经济资源和组织资源。面对国家新的制度安排和参与意识、民主意识日渐觉醒的乡村社会，基层政府陷入了治理的困境。 基层政府的治理困境包括外部困境和内部危机两个方面。其外部困境表现在社会转型的压力、制度与非正式制度的双重规制、政治文化转型的压力三个方面；其内部危机则表现在县乡关系和乡村关系两个层面。从县乡关系层面看，其危机表现为基层政府长期依存的压力型政治运行模式的合法性缺失；从乡村关系层面看，其危机表现为实践中的基层政府治理固守于压力型政治运行模式的旧思维，从而构成了对村民自治制度民主属性的否定。 基层政府治理变革必须坚持系统治理的原则，为此必须把握两个系统维度：一个是县乡关系中的系统输出维度，另一个是乡村关系的系统输入维度。输出维度强调的是系统输出的科学性和有效性。输入维度强调的是确保来自乡村社会的各种需求性信息进入系统的组织通道畅通。通过系统输出和系统输入两个维度的把握，实现系统输出与系统输入的平衡与稳定，最终实现基层政府良性治理的目标。