珍珠黄杨（Buxus sinica var.parvifolia）是我国特有的国家二级保护树种,因其分布范围狭小,近年来又被大量挖掘作盆景栽培,资源已濒于绝灭,为了进一步研究其亲缘关系,有效地保护和利用这一优良的种质资源,本文采用过氧化物酶同工酶（POD）标记技术和ISSR标记技术,并辅以形态标记对选育出的珍珠黄杨无性系进行指纹图谱分析,主要结论如下:1、珍珠黄杨各无性系经POD同工酶电泳后条带数少,只有4条,并且多态性不强,虽然能根据酶谱染色深浅来区别各个无性系,但是其可能受实验操作影响较大,因此难以正确体现珍珠黄杨无性系之间的差异。2、为从珍珠黄杨幼叶中提取高质量的总DNA,比较了4种DNA提取方法,结果表明:2%（W/V）浓度的CTAB提取缓冲液所提DNA效果最好;并在此基础上,以（CT）8G为引物,采用单因素实验法,确立了适合珍珠黄杨的ISSR-PCR反应体系:在总体积20μl的反应体系中,含30ngDNA模板,2.0mmol/L Mg²⁺,0.30μmol/L引物,0.20 mmol/L dNTPs,1U Taq DNA酶。3、从100条ISSR引物中筛选出19条多态性较强的引物,扩增出256条条带,其中211条是多态带,多态率达到82.4%,每条引物平均扩增出13.5条条带。其中引物UBC848扩增的结果显示每个供试材料的扩增条带都不一样,因此运用这一引物就能将所有的供试材料区分开来。4、将同工酶标记的酶谱、ISSR标记的聚类图,结合形态特征进行比较,采用单一酶系试验（过氧化物酶同工酶）分析,其标记的数量比较有限,产生的多态性不高,因而当珍珠黄杨无性系间的亲缘关系太近时,就表现出其局限性。而ISSR标记位点多,直接反映DNA水平上的差异,利用ISSR标记,可以更详细地了解各个珍珠黄杨无性系间的差异、亲缘关系的远近。因此,认为ISSR指纹图谱比过氧化物酶同工酶指纹图谱更趋于合理与真实,更能准确体现各无性系试材的亲缘关系。