创新是经济发展中最重要的因素，它决定着经济发展的持续状态，决定着经济发展的后劲，决定着经济发展长远目标的实现。经济发展的本质都是源于技术和管理的创新。　　创新系统理论研究在向国家创新、区域创新、产业创新三个层次发展。区域创新系统作为国家创新系统的组成部分，还需要继续深入研究。特别是我国各个地域和区域都有着自己特有的经济基础和经济特征，它们在实现区域资源特别是创新资源的优化配置和管理方面有着广泛的研究前景。　　正确的创新理念是创新研究的基础。区域创新必须用系统工程的概念去理解，用系统工程的思想去解决。目前，虽然区域创新研究成果已经很丰富，但是由于缺乏研究的层次性，使得区域创新系统研究与区域经济发展总是不能很好地结合。首先需要研究的是如何结合实际，探讨在促进经济发展中所面临的用什么理念理解创新的问题；经济增长不一定是创新发展，依靠增大资源投入的经济发展并不足取，创新的实质是占有价值链的上端，主要通过技术输出，占取他人的资源、占据更大的市场，获取优厚的回报；提示我们要通过建立可持续发展和和谐社会的思想，切实注重经济增长方式的转变。　　本文以研究区域创新的立脚点出发，应用熵理论、耗散结构理论、动力学理论，对区域经济发展中发生的环境和资源破坏问题，对区域经济在价值链中所处的不同位置与区域经济在经济全局中角色定位问题进行了深入的讨论，明确了区域创新与区域经济发展之间的关系，用创新动能和创新势能刻画经济发展速度与经济发展实力的关系，提出创新层次、创新组合理论和“1+X”理论，构架区域创新系统的系统建设目标，为正确判断区域创新系统的形态构筑了理论基础。　　将创新系统资源配置研究作为研究的主线，提出创新资源配置能力的概念，并将创新资源配置能力分解为空间配置能力，产业配置能力、置换配置能力和文化配置能力，用以反映创新对经济发展影响的不同方面。区域创新系统特征值的提出，对于建立创新系统与现实区域环境的关联，改进区域创新系统的千篇一律的评价尺度问题，通过区域特征值界定相关可以类比的区域，进而可以通过区域经济产业特征的聚类类比，做到同类区域经济的相对有效性比较，以实现相对有效性的科学合理的评价；从而分析区域有效地利用创新资源、条件和优势的程度。　　应用神经网络理论与MATLAB技术，对区域经济在针对创新资源的投入与产出的关系进行拟和、预测和调控分析，在单年经济增长趋势分析、多年经济增长趋势分析、单资源因素调节对经济产出影响分析、资源矛盾因素相对涨落变化对经济产出影响分析方面，以北京市有关统计年鉴数据为例做了大量的仿真工作。通过对增长率进行归一化的数据处理方式，解决了仿真过程中提高网络泛化能力的技术问题。　　研究表明，区域创新系统规律符合熵理论、耗散结构和动力学理论，它们对深化认识经济发展的本质具有指导意义。在相对有效性的研究上，区域创新资源配置的分类研究使得资源相对有效性问题研究的目标和意义更加清晰。神经网络拟和、预测和调控分析的方法可以在区域经济投入产出在中间产品不明确，不能列出投入产出方程组的情况下，比较有效地进行效益分析。区域创新经济的预测、预控对区域创新工作具有重要的指导意义，可以为区域创新资源的调配提供参考。本文针对北京市创新资源配置的问题和现状，对北京市实施充分利用科技资源，包括全球的科技资源的战略对策提出了有益的建议，所提策略和建议也具有一定的普遍性意义。　　本研究丰富了区域创新系统研究的内容和研究方法，对于正确发挥区域创新系统的作用，正确调配创新系统的可支配资源，实施经济调控，促进区域经济发展具有借鉴意义。对区域地方政府制订发展经济、创建创新型社会的政策也具有一定的参考价值。