论文部分内容阅读
玉米品种DNA．指纹数据库的构建在玉米品种纯度及真实性鉴定、品种权登记保护、区试及审定品种质量监控等方面具有重要应用价值，对理清我国玉米种质的血缘关系、杂种优势群划分、种质创新及新品种选育具有重要指导意义。本论文研究目的是以SSR标记为技术手段，通过对玉米基因组SSR核心引物的筛选，软件评估和设计引物、探讨引物设计中的优化问题——改善GC含量过高引物的扩增效果等玉米DNA指纹库构建的关键技术环节进行了研究。本论文形成如下研究结果：
(1)依据网上和文献上提供的信息，从玉米数据库公布的1900多对SSR引物中初步筛选出800对引物，通过实验室用15个骨干自交系复筛，统计196对引物的多态性信息。
(2)筛选出分布于玉米10条染色体的500对SSR引物，其中包含实验室筛选和文献资料的高多态性引物，并构建分子遗传图谱。
(3)利用15个杂交种对引物杂合带型表现是否正常进行筛选，剔除杂合率低的引物，确定一套在玉米染色体上均匀分布的多态性高、带型分布合理的建库用的100对核心引物。从每条染色体的长臂和短臂各取1对，20对作为建库的基本核心引物，20对作为扩展核心引物以作进一步遗传检测备用。
(4)利用引物设计软件对核心引物进行重新优化设计，确定了引物设计的原则，尤其是确定了玉米SSR引物的设计原则，并详细说明了引物设计的全过程。
(5)从引物设计角度分析原引物的问题及原因，共设计了123个引物位点，其中合成了56个引物位点，145对引物，对合成的引物反复进行研究，实验筛选。
(6)从体系优化方面改善了GC含量过高的引物的扩增效果，最终92对新设计的引物扩增效果较好，入选以便进行多重PCR组合。