儒法之辨是宋恕思想的主线。宋恕提出儒法之辨,含有解除人民疾苦、以儒学沟通西学为维新变法服务和继承孔子道统的目的。他不单纯把儒法作为历史上的两个学派,进而把它们作为两种对立的政治思想的代表,以批评汉后中国的封建政治,评论古今中外的政治宗教和哲学学说。他的阳儒阴法论以批评汉后“抑民”学说和阳儒阴法政治为主,在学术上既有价值,也有缺陷。在“判神州长夜之狱”问题上,他把专制政治归于法家学说比夏曾佑归于儒家学说更为得本,而夏曾佑之说开五四新文化运动打倒孔家店之先河。章太炎质疑宋恕的儒法之辨,有其合理性,但未能针锋相对。《六字课斋卑议》是宋恕变法思想的集中体现。此书的特色是以改变阳儒阴法之学的遗毒、解除人民疾苦为目的,关注的不是国家的富强,与大多数变法论者异趣。由于对民主理解不够,虽然主张人民权利,但不重视其政治主体性。他的妇女解放思想十分激烈,但他的出发点仅仅是同情心。宋恕误解民主为民本,并以此为基点而评论中国传统文化和西方文化。在如何处理中西文化的问题上,他提出以民本思想为指导、以符合最大多数人利益为标准的会通中西的文化观。他的调和粹化论主张先振古学,含有通过振兴国粹以回到所谓三代(在他心目中相似于日本明治维新前状态),再从三代进入西方的思路。宋恕以解除人民的疾苦为教育最重要的作用,并激烈批判封建教育制度、规划近代学制、倡行社会教育,对于中国教育近代化作出了贡献。他的粹化教育论表现了以教带政、以精英教育带动开民智的思路。