刚刚结束的十八届三中全会将财政税收的地位空前提高,指出科学的财税体制是优化资源配置、维护市场统一、促进社会公平、实现国家长治久安的制度保障,我国当前的税制改革,最重要的思路是在间接税内部进行结构优化,营业税改增值税便是这一思路的集中体现。市场经济下所有的经济行为都离不开交通运输业,在交通运输业率先推行营改增,既是贯彻税收公平性,完善流转税制的要求,也是推动经济转型的现实需要。本文以南京市交通运输业为例,研究营改增对交通运输企业的税负影响,既具有代表性,又具有现实意义。本文立足于现有交通运输业营改增税收相关问题的研究,梳理整合当前学术领域和实际征管中的各种理论和观点,通过营改增前后增值税负模型的建立与测算,得出交通运输企业的税负平衡点。然后对南京市交通运输业的营改增效应进行了实例研究,揭示出试点企业的总体税负变化情况和变化规律,继而分别选取南京市公路客运、公路货运、水路运输以及航空运输业的典型企业,研究营改增对其税负变化的具体影响。研究结果表明：(1)营改增后,南京市交通运输企业的整体税负有所下降,但下降幅度逐渐收窄；(2)若不考虑无规律的外购固定资产行为,南京市公路客运和公路货运企业理论税负将分别提高23%和33%,航空运输企业理论税负保持不变,水路运输企业理论税负下降14%；(3)考虑外购固定资产进项税因素,南京市公路客运实际税负下降7.77%,公路货运企业实际税负基本不变,水路运输企业实际税负下降18.24%,航空运输企业实际税负下降82%。最后,本文对完善交通运输业营改增改革提出了政策建议,以期对正在进行的税制改革工作提供借鉴。