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中华斑羚(Naemorhedus caudatus)为东北亚特有物种,主要分布于我国东北和西南省区,由于人类活动加剧,栖息地不断破碎化和丧失,被列为国家二级重点保护野生动物,IUCN世界物种红色名录列为近危等级,同时被列入CITES附录Ⅰ。本研究采用非损伤采集粪样提取DNA技术,运用线粒体DNA、微卫星DNA以及性连锁基因分子标记,首次对北京松山国家级自然保护区(以下简称北京松山)和内蒙古赛罕乌拉国家级自然保护区(以下简称内蒙古赛罕乌拉)的中华斑羚种群开展保护遗传学研究。主要研究内容和结果如下：1)根据线粒体DNA、微卫星DNA和性连锁基因3种分子标记,372份疑似中华斑羚粪便样品共鉴定出76只中华斑羚个体。北京松山和内蒙古赛罕乌拉分别鉴定出15只(9雌6雄)和61只(37雌24雄)。2)227bp线粒体DNA控制区序列共检测到13个多态位点,定义了8种单倍型。北京松山和内蒙古赛罕乌拉中华斑羚种群分别有3个和5个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离分别为0.0149和0.0125,单倍型多样性分别为0.705和0.787,核苷酸多样性分别为0.0097和0.0107。与一些经历过严重瓶颈效应的物种相比,表明两个分布区的中华斑羚种群在线粒体DNA水平上的遗传多样性较为适中。3)选取的10个多态微卫星位点共检测到45个等位基因,平均每个座位的等位基因数分别为3.300和3.700,平均有效等位基因数分别为2.944和3.400,平均观测杂合度分别为0.607和0.630,平均期望杂合度分别为0.650和0.691,平均多态信息含量分别为0.578和0.629。与线粒体DNA的研究结果基本一致,中华斑羚在两个分布区内具有适中的遗传多样性。4)通过线粒体DNA和微卫星DNA分子标记对遗传分化系数的检测结果均显示,内蒙古赛罕乌拉和北京松山中华斑羚种群之间达到了显著遗传分化水平。利用线粒体DNA单倍型数据构建的NJ系统树、微卫星DNA数据构建的UPGMA系统树和贝叶斯归类分析结果均支持将两个种群分化为2大分支。基于以上数据结果本研究将内蒙古赛罕乌拉和北京松山中华斑羚种群划分为2个进化显著单元和保护管理单元。