大股东侵占上市公司资源，进而侵占中小股东利益的一种非常典型的手段就是不规范的关联交易。鉴于投资者的利益可能被侵害，因此需要一系列制度安排来保障投资者得到合理的回报、保护投资者利益免受侵占，这一系列的制度安排即是内部控制制度。本文以对中小投资者保护研究为出发点，论证了内部控制如何影响中小投资者的利益，进而检验关联交易对内部控制与投资者利益保护的传导效应这一主线展开，研究内部控制、关联交易与投资者保护三者之间的内在关系。本文在财政部、证监会、审计署、银监会、保监会五部于2008年5月联合颁布了《企业内部控制基本规范》、2010年联合颁布的《企业内部控制配套指引》以及2006年初财政部颁布了《新企业会计准则》的制度背景下，以2008年到2011年间2087家上市公司披露的数据为研究样本，在国内外相关理论分析的基础上，采用规范分析和实证研究相结合的方法，提出研究假设并构建模型，通过引入关联交易为中介变量，研究了内部控制、关联交易与投资者保护三者之间的关系，从而为中小投资者保护提供了经验证据。本文以关联交易为核心，以深圳迪博企业风险管理技术有限公司提供的《中国上市公司内部控制白皮书》中的内部控制指数衡量内部控制水平，通过构建投资者保护指标，尝试研究关联交易对内部控制与投资者保护的传导效应。研究结果表明：1）内部控制水平对投资者利益保护有显著的影响，内部控制的构建越完善，越有利于投资者利益的保护。2）内部控制水平对关联交易有显著的影响，完善内部控制的构建可以抑制输出型关联交易的发生。3）关联交易对内部控制与投资者保护有显著的传导效应，完善的内部控制可以通过抑制输出型关联交易的发生、规范输入型关联交易的发生，达到保护投资者利益的目的。本文最后对实证研究结果进行总结，并提出一些政策性建议，同时指出了本文研究的局限性和不足之处。