本文在综合国内外自然保护区的相关理论实践背景和研究动态的基础上，综合运用规范与实证、定性与定量等方式，研究这个开放的“社会经济自然复合生态系统”的结构功能关系、空间格局与生态过程，在宏观层面上，进行静态与动态分析评价。研究内容包括中国自然保护区的发展历程、中国自然保护区的结构分类状况、中国自然保护区分布的地域生态经济与管理水平比较、中国自然保护区的生物地理及生物多样性热点分布状况等四方面。 对于中国自然保护区的发展历程，运用时间序列分析、年均增长指数和十年增长指数分析法，分析在数量、面积、占国土面积比例、平均面积上随时间变化的趋势与特点，可明显划分为3个阶段：初始停滞阶段(1956～1975)、稳步发展阶段(1976～1995)、迅速增长阶段(1996至今)。到2005年底，全国自然保护区有2349个(其中国家级243个)，近十年来平均每年增加155个，趋势曲线呈指数增长。 对于中国自然保护区的结构分类状况，按主管部门分为林业、环保、海洋、农业、国土、城建、水利七类，以林业部门占的比例最大，环保部门次之。按管理级别分国家级、省级、市级、县级四类，国家级面积相对其他级别比例过大。按主要保护对象分三大类9种类型，内陆湿地和水域、荒漠、森林等生态系统的保护程度较高，草原和海洋的保护程度较低。按管理目标分六种类型7个亚类，以类型Ⅴ(陆地/海洋景观保护区)为主。按面积尺度把自然保护区分8个等级，结果呈正态分布且结构较合理。按空间及其组织方式分为自然保护区小区、自然保护区、自然保护区域和自然保护区网络4个尺度，目前我国已有自然保护小区六万多个、自然保护区2349个、国际跨界保护区2个、进入7类全球自然保护网络。 对于中国自然保护区分布的地域生态经济及管理水平比较，结果说明：中国各地区的自然保护区数量、面积、级别分布不平衡；各地区的自然保护区建设水平与该地区的人口和经济水平明显相关，呈现东西之间、地区之间的不平衡；管理人员尤其是专业技术人员缺乏、管护任务艰巨；建设的投资资金一半来自于国债和中央财政专项资金，而另外一半由自然保护区自筹，资金比较紧缺。 对于中国自然保护区的生物地理及生物多样性热点分布的研究表明：中国自然保护区的生物地理及生物多样性热点分布均存在空缺；各生物地理单元的国家级自然保护区分布不平衡；生物地理区域的国家级自然保护区分布呈东、西部显著差异；国家级自然保护区集中分布在具有国际生物多样性保护意义的重要单元。 以上四方面的研究结果均显示，我国自然保护区的在体制政策和法律、系统分类结构、管理与规划等方面仍存在许多问题与障碍。建设“重数量轻质量”，体制不顺，政策支持不足，法律架构薄弱，级别和保护对象类型结构失衡。管理目标不明确，管理机构不全、管理人员配备甚缺，资金来源渠道少，背景信息资源不足。人口与社会经济水平的地域差异，造成自然保护区分布以及管理水平的地域差异，表现为东部与西部之间、城乡之间、富裕地区与贫困地区之间的不平衡，自然保护区的生物地理与生物多样性热点地区分布仍存在空缺。