细菌、病毒和寄生虫病原体在不同环境条件下的生态和生存特点各异，表明单一的指示微生物并不能在所有类型的水域中预测到不同宿主的粪便污染情况，进而推测水体中肠道病原体的存在。如果指示生物和病原体之间的相关性确实存在，则有必要找出在哪些情况下，在多大程度上这些指示微生物可以作为粪便污染的可靠指标。　　大肠杆菌群类细菌是目前国际上通用的检测水体受粪便污染的指示微生物，其数量能直接表明水体受粪便污染的程度，适用于河流、湖泊等一般水质检测。沙门氏菌(Salmonella，SM)作为一种人畜共患病原体，在受污染的水体中普遍存在，对人和动物的健康带来了极大的危害，因此从人类健康角度分析，污染水体中沙门氏菌具有重大的研究价值。　　本论文以浙江省温州市温瑞塘河为研究对象。根据塘河的河网特点、地形地貌特征，在塘河各类型河道中的40多个常规监测站位中设置5个典型站位，如特定场所医院、养殖场等周边河道。运用传统微生物学检测技术和新型分子生物学手段，分析总大肠杆菌、粪大肠杆菌、大肠埃希菌和病原菌沙门氏菌在不同水体中的存在情况和分布规律，并且同时进行常规水质因子、指示微生物与病原菌的相关性的研究。　　为建立一种快捷、高效的检测病原微生物的方法，本研究针对各种病原微生物的特异基因采用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification，LAMP)进行检测，初步调查并筛选，考察了沙门氏菌的分布特征及其与指示微生物之间的关系。LAMP方法的特异性强，灵敏度高，快速简便，为水体病原微生物的检测构建了很好的技术平台。　　本研究的结果如下:　　1.数量分布特点:本研究选择总大肠杆菌、粪大肠杆菌、大肠埃希菌作为水体中粪便指示微生物，利用多管发酵法进行检测，然后对伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)的特异phoP基因建立环介导等温扩增快速检测(LAMP)方法。实验结果如下:大肠埃希氏菌在各个检测点均有检出，浓度随季节波动于101-103CFU/mL，总大肠杆菌、粪大肠杆菌的检出浓度大致为103-107CFU/L，沙门氏菌阳性检出率在污染较为严重的B7和C1两点为60％，而A3和W3相应较低，为20％。　　2.时空差异:沙门氏菌在各个监测点阳性检出率之间存在一定的差异，夏季的阳性检出率明显比冬季高。各指示菌在冬夏两季浓度均在104CFU/L以上，另外，处于人口分布密集的生活区内的C1，其粪大肠杆菌及大肠埃希氏菌浓度较其他检测点高出大约3～4个数量级。各个监测点中指示微生物浓度随季节变化的情况差异显著，除C1以外，其他各个监测点指示微生物浓度随季节变化明显，夏季均比冬季高。　　3.相关性:统计学结果表明，总大肠菌群、粪大肠杆菌与大肠埃希菌均存在显著相关性(0.904，0.901)。伤寒沙门氏菌在水质良好的三垟湿地和密集生活区内的水体中阳性检出率存在明显差异，较常出现在污染严重的水体中。当粪大肠杆菌的浓度为≥104CFU/mL时，伤寒沙门氏菌阳性检出率较高，该结果表明在一定程度上，指示菌能反应病原菌的存在情况。