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目的:对比研究新疆3-5岁汉族和维吾尔族低龄儿童龋患病情况及危险因素,利用高通量测序技术对比分析两民族重度低龄儿童龋菌斑微生物群落结构特征及其在防治后的演替,为当地儿童龋病的综合防控提供参考依据。方法:根据世界卫生组织《口腔健康调查基本方法》和第三次全国口腔健康流行病学调查方案,研究采用多阶段随机分层整群抽样方法,依据新疆维吾尔自治区地域和人口分布统计,分别选择南、北疆人口比重最大的喀什地区和伊犁哈萨克自治州中心城市喀什和伊宁市城乡,共26所幼儿园1727名3~5岁汉族和维吾尔族儿童进行问卷调查和口腔检查。记录患龋率、龋均、充填率及龋齿牙位分布情况,并对社会环境及经济状况、饮食、口腔卫生习惯及口腔保健行为等差异因素进行logistic回归分析。采集重度低龄儿童龋和健康对照组儿童乳磨牙龈上菌斑,利用Illumina高通量测序技术进行微生物群落构成和多样性分析;同时,对重度低龄儿童龋组进行龋齿充填治疗和口腔保健指导,一年后随访,以同位点和方法采集并对比分析菌斑微生物群落的变化及相关关系。应用SPSS21.0软件进行采集数据的统计分析,检验水准α=0.05,P≤0.05认为差异存在统计学意义。结果:1)1727名被调查儿童的低龄儿童龋(ECC)患病率78.2%,重度低龄儿童龋(SECC)患病率41.2%。在民族分布上,汉族儿童ECC及SECC患病率(78.7%,42.6%)和维吾尔族儿童(77.9%,40.1%)差异无统计学意义。但按民族因素分层比较,两民族儿童在不同年龄的ECC和SECC患病率差异均有统计学意义,且5岁年龄组患病率较高;汉族儿童在城乡间的SECC患病率差异有统计学意义,且农村儿童患病率(52.3%)较高;维吾尔族儿童在不同区域的ECC患病率差异有统计学意义,且伊宁市患病率(84.7%)较高。2)乳磨牙和上颌乳中切牙患龋比例最高,且分布有民族差异,其中,维吾尔族儿童乳磨牙患龋率较高,而汉族儿童乳前牙患龋率较高。3)龋齿充填率为1.72%,其中,汉族儿童充填率高于维吾尔族儿童,城市儿童充填率高于农村儿童,差异有统计学意义(P<0.001)。4)年龄、农村生活、母亲受教育水平低下、母乳喂养、儿童看护者患龋、经常睡前进食以及缺乏口腔专科诊疗等因素是汉族儿童ECC和SECC患病的危险因素。年龄、地域、家庭收入低、儿童看护者患龋、高频率的含糖饮食、经常睡前进食、不刷牙或刷牙年龄较晚以及缺乏口腔专科诊疗等因素是维吾尔族儿童ECC和SECC患病的危险因素。5)研究共获得3219033条优质序列,按照97%的相似性聚类得到18928个OTUs,归属于11个菌门,20个菌纲,30个菌科,58菌目,117菌属和443个菌种。多样性指数结果显示,两民族儿童龈上菌斑菌群的构成及多样性有差异性,健康对照组儿童菌斑微生物多样性高于SECC组儿童。6)物种分类中放线菌属、球杆菌属、嗜血杆菌属、Terrahaemophilus是汉族SECC儿童中丰度较高的优势菌属,而链球菌属和韦荣菌属是维吾尔族SECC儿童中丰度较高的优势菌属。7)多种放线菌和Terrahaemophilus aromaticivorans是汉族儿童SECC组中起主要作用的核心菌种,而殊异韦荣菌、中国链球菌、月神新月形单胞菌和多种放线菌是维吾尔族儿童SECC组中起主要作用的核心菌种。8)重度低龄儿童龋组中,Leptotrichia shahii、多种普氏菌、Alloprevotella tannerae及Selenomonas sputigena的丰度在维吾尔族儿童组明显高于汉族儿童;而Actinomyces gerencseriae、Actinomyces johnsonii、Actinomyces massiliensis、Neisseria elongate、Kingella oralis、Kingella denitrificans、的丰度在汉族儿童组明显高于维吾尔族儿童。9)龋病防治一年后,龋病儿童菌斑微生物的丰度呈现明显健康趋势的演替,而继发龋儿童的菌群丰度与防治前相近或增高。结论:1)新疆3-5岁汉族和维吾尔族儿童ECC及SECC患病率高,发病年龄早,充填率低;2)汉族和维吾尔族间低龄儿童龋患病率无统计学差异,但相关危险因素对低龄儿童龋的影响存在民族差异性;3)汉族和维吾尔族儿童龈上菌斑菌群的构成及多样性在患龋状态及民族间存在显著性差异;4)良好的龋病防治可以促进菌斑微生物发生健康趋向的演替。