本研究利用微卫星标记技术,分析了北京鸭(Z1 和Z4)、樱桃谷鸭、奥白星鸭、绍鸭和番鸭(每个群体50 个个体)在20 个微卫星基因座的遗传多样性,探讨了各群体内的遗传变异和各群体间的遗传关系,计算了等位基因频率、群体杂合度(H)、有效等位基因数、多态信息含量、群体间的Nei 氏标准遗传距离(Ds)和DA遗传距离等,并利用Ds 和DA遗传距离分别构建了6 个鸭群体的系统聚类图。研究结果如下:　1.利用所选的20 个微卫星基因座对6 个鸭群体的300 个个体进行PCR 扩增,得到特异性的扩增产物。共检测到281 个等位基因,平均每个基因座14 个等位基因,最少为10 个;有效等位基因数目总共为104.43,有效等位基因数小于实际观察等位基因数,这是等位基因分布不均匀的结果。同时进行优势等位基因分析,结果表明:20 个微卫星基因座都有优势等位基因存在。　2.哈代-温伯格平衡检验结果表明:6 个群体在这20 个微卫星基因座上均处于遗传不平衡状态,究其原因有随机交配发生偏移、遗传漂变及选择等因素。其中选择所造成的影响最大,其次为随机交配发生的偏移以及遗传漂变。　3.根据统计结果可知:20 个微卫星基因座都为高度多态性基因座,平均多态信息含量在0.5968~0.8723 之间,6 个群体具有丰富的遗传多样性。6 个群体的基因杂合度变化范围在0.5886~0.8881 之间,杂合度较高。　4.遗传分化系数表明:AJ272581 座位的遗传分化系数(GST)估算值最大,为0.2185;其次为AJ272579、AJ515900(分别为0.1748、0.1047);最小的是AJ515895 座位,GST估计值为0.0205。说明这些基因座在不同群体间的遗传分化分别占总群杂合度的21.85%、17.78%、10.47%和2.05%。　5.用DISPAN软件分别计算了6个鸭群体之间的Nei氏标准遗传距离和DA遗传距离,并用该软件对其进行聚类,结果表明:由DA遗传距离用邻近结合法(NJ 法)聚类所得的结果与各群体之间的历史起源、地理位置、形态特征等基本吻合。用DA遗传距离将6个群体分为两类:Ⅰ类:北京鸭Z4、奥白星鸭、北京鸭Z1、樱桃谷鸭和绍兴鸭聚为一类。在这五个群体中北京鸭Z4 首先与奥白星鸭聚到一起,然后又与北京鸭Z1 相聚,再与樱桃谷鸭相聚,最后绍兴鸭又与它们在较近的距离聚在一起。Ⅱ类:番鸭聚为一类。　6.F-统计量分析表明:各微卫星基因座的杂合性基因多样性的比率(FST)的变化范围是从基因座AJ515895 的0.0205 到基因座AJ515896 的0.2558,平均值为0.0936;基