目的探明黑龙江省黑瞎子岛地区小型哺乳动物的物种多样性及其携带汉坦病毒的流行情况,为当地肾综合征出血热(HFRS)的预防与控制提供科学依据,为当地自然疫源性疾病病原体的筛查工作奠定基础。方法用夹夜法捕捉小型哺乳动物,进行形态学鉴定,解剖后取肺组织提取核酸(DNA和RNA)。DNA,采用普通PCR的方法扩增线粒体细胞色素b(mt-Cyt b)基因并测序。RNA,采用RT-PCR的方法扩增汉坦病毒L基因的部分保守序列,检测到的汉坦病毒阳性用RT-PCR的方法扩增病毒的全基因组。得到的所有序列与Gen Bank中的相应序列进行同源性比较和系统进化分析。结果1本次研究共捕获374只小型哺乳动物,经形态学鉴定分属于2目4科6属9种,其中黑线姬鼠和红背平为优势鼠种,并且分子生物学方法和形态学方法的鉴定结果相一致。各属种经同源性比较可知同源性都很高,均在95%左右。通过系统发生分析可知阿尔泰鼩鼱、大林姬鼠、东方田鼠、莫氏田鼠表现出一定程度的地理聚集现象,但中鼩鼱、黑线姬鼠、褐家鼠、红背平鼠、花鼠没有明显的地理聚集现象。2本研究在374只小型哺乳动物中检测到了15份汉坦病毒的核酸序列,分别是从1只阿尔泰鼩鼱、11只莫氏田鼠以及3只黑线姬鼠中检测到的Kenkeme病毒、哈巴罗夫斯克病毒和汉滩病毒,并成功扩增到了3种病毒的全基因组序列。全基因组的遗传分析和系统发育分析表明汉滩病毒与AA1028毒株、Bao14毒株、CJAp93毒株的同源性最高,并且位于第一世系;莫氏田鼠中的病毒与哈巴罗夫斯克和中国的牙克石发现的哈巴罗夫斯克病毒同源性最高,并且可能是一个新的世系;阿尔泰鼩鼱中的病毒与俄罗斯雅库茨克的阿尔泰鼩鼱中发现的Kenkeme病毒的同源性最高,与原型株的比较发现该病毒是一个新的亚种。结论黑瞎子岛地区的小型哺乳动物可能携带或传播多种自然疫源性疾病的病原体。随着该地区旅游业的发展,人员往来越来越频繁,从而增加了各种传染病传播的风险。汉坦病毒在黑瞎子岛这个相对小的地区广泛分布。并且在我国的东北地区HTNV是引起HFRS的主要病原体;莫氏田鼠是哈巴罗夫斯克病毒的自然宿主;Kenkeme病毒是首次在我国发现的一个新亚种。本研究为科学开发黑瞎子岛提供依据,并且对该地区的疾病预防与控制具有重要指导意义。