论文部分内容阅读
鸻形目包括鸥亚目、鸻亚目和海雀亚目3个亚目,其分类一直存在较多的争议,线粒体基因组数据和分子系统学目前是解决分类问题的有效途径之一。本研究通过PCR反应获得鹤鹬(Tringa erythropus)、林鹬(Tringa glareola)和针尾沙锥(Gallinago stenura)三种鸻形目鸟类的线粒体全基因组序列,利用生物信息学相关软件对其基因组成、排列顺序、碱基组成、起始密码子和终止密码子、密码子使用频率等相关特征比较分析,了解鸻形目鸟类线粒体因组的排列顺序和相关特征,分析鸻形目鸟类遗传特性。结合GenBank中已公开的15种鸻形目鸟类线粒体全基因序列,利用生物信息学软件构建鸻形目的系统发生树,确定三种鸻形目鸟类在鸻形目中的分类地位,探讨鸻形目部分争议较大的问题,为鸻形目鸟类分子系统学研究提供更多的资料。主要结果如下:1.三种鸻形目鸟类鹤鹬、林鹬和针尾沙锥的线粒体全基因组全长分别为16683 bp、16804 bp和18153 bp,包括37个基因组:13个蛋白质编码基因(ND1、ND2、COⅠ、COⅡ、ATP8、ATP6、COⅢ、ND3、ND4L、ND4、ND5、Cyt b 和ND6)、22 个tRNA、2 个rRNA基因(12SrRNA 基因和 16SrRNA基因)和一个D-Loop区。2.三种鸻形目鸟类线粒体全基因序列的AT含量均高于GC,PCG数据集(除ND6外的12个蛋白质编码基因)、rRNA数据集(12SrRNA和16SrRNA)及D-Loop区序列的AT含量也都高于GC。13种蛋白质编码基因的起始密码子主要是ATN和GTG,与其他脊椎动物具有明显差异。蛋白质编码基因终止密码子以AGG、TAA、AGA、T--和TAG为主,都是鸟类的常见终止密码子。3.18种鸻形目鸟类系统发生树研究结果表明,鸻形目分为三个亚目,即鸥形目、鸻亚目和鹬亚目。系统树支持鸥类鸟作为亚目,隶属于鸻形目;鹬类属于最晚化出来的。鹬亚目包括水雉科和鹬科,鹬属、勺嘴鹬属、沙锥属和翻石鹬属具有较近的亲缘关系。鹤鹬和林鹬属于鹬属,亲缘关系较近,可能来自同一祖先。针尾沙锥隶属于鹬科沙锥属,是鹬科中较早分化出来的。4.长基因构建的系统树各阶元分支具有较高的BCL值,适用于鸻形目各个阶元的系统发育关系研究。在缺少线粒体全基因序列的情况下,可利用长基因来研究鸻形目的系统发生关系。