原料乳冷藏过程中,微生物产生的外源酶可分解乳中的营养物质,使得乳成分发生改变,最终导致原料乳腐败变质。本文采用宏蛋白质组学和非靶代谢组学技术对原料乳4℃冷藏6 d过程中微生物蛋白质以及乳中代谢物进行研究,比较冷藏0d、1d、3d、4d与6d的微生物蛋白质和代谢物的差异,探讨原料乳冷藏过程中物质变化规律,得到的结果如下:（1）采用Lable free技术进行宏蛋白质组学研究,冷藏过程中共鉴定出341个微生物蛋白质,且多为冷藏3d以后产生。PCA分析显示,冷藏末期（6 d）与初期（0 d）相比,样本中蛋白质情况发生显著变化。整个冷藏过程中有较多数量与较高丰度的蛋白质执行着细胞壁/膜/包膜生物发生功能与转录功能。参与双组分系统和军团菌病代谢通路的蛋白质数目较多,各时间点蛋白数目均大于6,参与氨基糖和核糖代谢的蛋白质相对丰度在整个冷藏过程中较高,始终大于20%。微生物蛋白质主要来源于假单胞菌属（Pseudomonas）、梭菌属（Clostridium）、乳球菌属（Lactococcus）、不动杆菌属（Acinetobacter）、分歧菌属（Mycobacterium）以及乳杆菌属（Lactobacillus）。整个冷藏过程中来源于假单胞菌属的蛋白质相对丰度最高,始终大于38%。随着冷藏时间延长,与Od相比,各时间点差异蛋白质数目增多。差异蛋白质参与的通路中,1d时的氨酰基-tRNA的生物合成通路,3d时的植物病原体相互作用通路和坏死性凋亡通路,4d时的植物病原体相互作用通路和坏死性、群体感应通路、糖酵解/糖异生通路、碳固定通路、HIF-1信号通路,6 d时的群体感应通路和坏死性凋亡通路发生了显著性变化。（2）采用LC-MS进行差异代谢物鉴定。与Od相比,1d、3d、4d、6d的显著性差异代谢物数目随冷藏时间延长逐渐增多,正离子模式下分别为8、24、25、30,负离子模式下分别为12、28、35、32。其中冷藏1d至3d时显著性差异代谢物增加最多,说明原料乳在冷藏3d内成分变化剧烈。相比0d,有6种氨基酸类代谢物在4 d及之后表达量持续显著上调,有13种脂肪酸及其衍生物类物质在冷藏3d及以后表达量持续下调。差异代谢物代谢通路富集分析发现,随着冷藏时间的延长,脂质代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、细菌感染相关的代谢通路发生了显著变化。（3）宏蛋白质组学和代谢组学关联分析发现,1 d/0 d的差异微生物蛋白质和差异代谢物并未涉及相同的通路,而随着冷藏时间的推移,共同代谢通路增加,微生物蛋白质对原料乳中代谢物的影响越来越大。比较差异微生物蛋白质和差异代谢物的相关性发现,差异蛋白质之间大多呈正相关,而差异代谢物之间以及差异蛋白质和差异代谢物之间的相关性则更为复杂。相关性分析发现,蛋白质 WP026727825.1、CDA85602.1、WP094167221.1、WP103230885.1以及WP087679563.1均与超过30种以上差异表达代谢物的相关性较强,可能是原料乳中代谢物差异表达的关键蛋白。