为贯彻落实西部大开发战略和科教兴国战略，提高西部地区高校办学实力和水平，实现东西部地区高等教育的均衡发展，教育部于2011年启动“东部高校对口支援西部地区高等学校计划”。对口支援实施以来，支援高校与受援高校围绕西部地区社会经济发展的实际需要，结合各自优势，共同申报成功了一批重大科研项目，优化了科研资源的合理配置，加快了受援高校科研团队的成长和实验室平台的建设，提升了受援高校的科研能力和水平，增强了受援高校的办学实力，促进了当地社会经济的发展。高校科研作为高层次人才培养、科技创新的重要途径，推动着高校从社会经济的边缘走向中心。因此，对支援和受援高校联合科研进行研究有利于了解联合科研的整体状况，促进科研资源的优化配置，提高联合科研项目的质量，推动对口支援的深入发展，进而实现东西部地区高等教育的均衡发展。本研究以新疆大学、石河子大学、新疆医科大学与支援高校的联合科研为研究对象，运用文献法、问卷法、访谈法，结合定性和定量分析，对新疆受援与支援高校的联合科研的整体现状、问题、产生原因及对策进行系统的研究。在理论方面对已有研究进行综述，对联合科研的相关概念进行阐述；在实证方面利用自编的“新疆受援与支援高校联合科研现状研究”调查问卷，从联合科研项目立项时间、项目经费、项目级别、项目主持人等不同维度对联合科研的整体情况进行调查和分析。通过对联合科研项目参与人员、科研管理部门人员及负责对口支援业务部分人员的深度访谈得知，近年来，支、受援高校都普遍重视科研活动，双方教师开展了一些科研项目的合作，取得了一定成绩，但也存在着一些不容忽视的问题。在了解现状的基础上，本文发现联合科研中存在的一些问题：一是联合科研的经费、政策保障缺失；二是教师参与的意愿和积极性不高；三是双方学校的沟通机制不完善；四是联合科研的成本、收益不相称；五是联合科研的监督管理不到位。本研究认为过度的市场化竞争，繁重的教学、科研任务，浓厚的行政管理色彩，单一的激励方式与手段，不合理的科研管理制度是导致联合科研现状不容乐观的重要原因。为此，本文结合国内外先进经验，立足支、受援高校的实际情况，探求科研合作的途径，进而提出了促进联合科研的对策：加大政策支持和资金保障，建立完善的激励机制，下移对口支援工作重心，树立双赢的合作理念，加强科研项目的监管，营造良好的科研环境。本研究有利于丰富联合科研的相关理论，为进一步完善和推动对口支援工作深入发展提供参考；为支、受援高校科研合作的开展和科研项目的管理提供实证依据；有助于进一步促进东西部高等教育事业均衡发展，有利于实现新疆跨越式发展和长治久安。