下一代测序技术,尤其是Ch IP-Seq技术的普及,产生了一系列大数据量、高复杂度的数据。而DNA模体的挖掘,是Ch IP-Seq数据功能分析的一个很重要的模块。目前,已有大量的软件能够从Peak-Calling的数据中寻找出模体。但是我们对于这些软件的信息所知甚少。直至目前为止还没有专注于转录因子的Ch IP-Seq数据的软件比较。因此本文挑选了6款软件MEME、DREME、CHIPMUNK、RSAT-peak motif、HOMER和SIOMICS。使用了4个物种Mus musculus、Homo sapiens、Drosophila melanogaster、Saccharomyces cerevisiae的37套真实数据对这六款软件进行了运行时间、模体数目、模体长度分布的测试;4个物种Homo sapiens、Mus musculus、Drosophila melanogaster、Caenorhabditis Elegans的模拟数据对软件的准确度进行测试。通过本文的测试,我们发现这几款软件在Saccharomyces cerevisiae的数据中表现均比较好,准确度均大于30%,其中最高的为MEME,达到了66.7%。而在Homo sapiens、Mus musculus、Drosophila melanogaster这三个物种的数据中,HOMER相较于其它软件有较高的准确度,大约在30%左右。同时我们认为软件结果之间的相互覆盖度并不能成为取代准确度的判定指标。