目前探知的地衣共生系统中主要包含四元成分,共生真菌、光合共生物、非光合共生细菌、以及内生真菌。其中,共生真菌是地衣共生体系的支持和控制者,为各共生成分提供了栖息地;光合共生物是地衣共生体系的碳素(和氮素)提供者;非光合共生细菌是地衣共生体系的氮素补充者。尽管研究证实许多植物内生真菌对宿主的生存竞争有着不同的辅助作用,但是地衣内生真菌在地衣共生系统中所扮演的角色尚不明了。网脊肺衣的两变种Lobaria retigera var.retigera(Lrr)和Lobaria retigera var.subisidiosa(Lrs)具有相似的形态和生境,主要不同在于次生代谢产物的差异。前者地衣体中仅含有少量的萜类化合物,后者地衣体中除含有大量萜类化合物外,还含有降斑点酸和斑点酸。这些次生代谢产物均具有一定的抗真菌活性。因此,比较Lrr和Lrs中内生真菌的群落差异,可以很好地阐明地衣次生代谢产物对内生真菌群落的影响,进而揭示内生真菌在地衣共生系统中所扮演的角色。鉴于分离培养方法仅能得到少量内生真菌,本研究首次应用高通量测序技术比较研究了同产地、同生境、同基物、同采集时间的网脊肺衣两变种Lrr和Lrs地衣内生真菌的群落结构。内生真菌与共生真菌相对丰度的比较分析显示Lrr中内生真菌的生物量显著多于Lrs中内生真菌的生物量。OTU衰减曲线趋势和数量比较显示Lrr中内生真菌的物种多样性显著高于Lrs中内生真菌的物种多样性。聚类分析显示内生真菌在Lrs和Lrr中存在显著的宿主专一性。分类分析显示Lrs比Lrr中含有更多的担子菌门成员;耐受地衣次生代谢产物的茶渍衣纲子囊菌在Lrs中的丰度显著高于其在Lrr中的丰度;在目级分类阶元,Lrs中存在大量特有成员,而Lrr中的成员特有性不显著。影响地衣内生真菌群落的可能因素包括宿主产地、生境、基物、采集时间、宿主亲缘关系和宿主次生代谢产物。被研究的Lrs和Lrr具有同产地、同生境、同基物、同采集时间和相近的亲缘关系,据此推测地衣次生代谢产物是影响内生真菌群落的主要因素。Lrs中次生代谢产物的抗真菌活性可以很好的解释上述研究结果中Lrs和Lrr内生真菌群落结构的差异。Lrs中的次生代谢产物全部由地衣共生菌产生,共生真菌通过累积次生代谢产物,防止内生真菌的过度定植与生长,抑制了内生真菌的生物量、物种数量,改变了群落结构,造就了特殊生态龛位,进而催生了特有内生真菌类群。因此,在地衣共生系统中内生真菌与共生真菌很可能存在一定的竞争关系。此外,本研还究发现地衣内生真菌可能与外界定植于植物、真菌和地衣体上的寄生或活体寄生真菌种类密切相关;地衣次生代谢产物虽然改变了内生真菌群落的很多方面,但是对群落的异质性影响不大;地衣内生真菌以子囊菌为主,还含有少量的担子菌和痕量的接合菌,这与前人基于培养方法的研究结果类似。