兼容CODIS与ESS核心基因座的24个基因座复合扩增系统的构建与验证及法庭科学应用的研究

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STR(短串联重复)是一种广泛用于司法实践领域且行之有效的遗传标记,为便于数据库内及数据库之间DNA数据比较,必须要统一所使用的核心基因座。自从1997年11月以来,美国FBI实验室一直采用13个STR核心基因座上报国家数据库,这13个CODIS核心基因座为D3S1358,D5S818,D7S820,D8S1179,D13S317,D16S539,D18S51,D21S11,FGA,TH01,TPOX,vWA。在欧洲,各个国家间也一直在致力于将基因座统一标准化的进程,2009年4月,欧洲法庭科学研究机构(ENFSI)一致决定在已有的欧洲标准基因座(ESS)7个STR(D3S1358,D8S1179,D18S51,D21S11,FGA,TH01,vWA)基础上,增加了另外5个STR基因座(D1S1656,D2S441,D10S1248,D12S391,D22S1045),但是,这并没有解决CODIS与ESS兼容的问题。目前,CODIS与ESS只有7个基因座重复,随着国际上各个国家之间的交流及DNA数据库容量的增加,构建一套既能便于数据共享又能降低随机匹配数的核心基因座,是法庭科学数据库发展的必然趋势。  本文研究构建了一个新的复合扩增系统,可以同时荧光检测23个STR基因座与1个性别基因座,涵盖了美国CODIS与欧洲ESS所有核心基因座以及另外5个商品试剂盒中常用的基因座(D2S1338,D6S1043,D19S433,PentaD,PentaE)。24个基因座复合扩增系统具有更高的个体识别能力,实现了一次复合扩增检验,获得比其他方法更多的信息含量,满足了法医学亲子鉴定及失踪人口身源鉴定的需要。对血痕和口腔拭子打孔取样,直接扩增,且PCR反应的整个时间少于90分钟。  依据DNA分析方法科学工作组(SWGDAM)制订的确证实验指南[8]及中国国家标准(CNS)“法庭科学人类STR复合PCR检验试剂质量认证标准”(GA/T815-2009),从种属特异性、灵敏性、稳定性、精确性与准确性、案件检材适用性、遗传多态性、混合样本及PCR方法学验证等方面进行测试,力求证明该24个基因座复合扩增系统准确、可靠、高效,适用于法庭科学人类个体识别。  材料与方法:  1、依据①中国法庭科学DNA数据库选用的基因座标准(GA469-2004),②CODIS和ESS核心基因座,③兼容当前商品试剂盒的常染色体STR基因座。  2、根据自GenBank(R)数据库信息,应用Primer3(v.0.4.0)和AutoDimer v1.1软件设计引物并对所选择引物进行二聚体检测,所有荧光染料均标记在引物的上游端。  3、以pUC18质粒为模板,选取927至1425核苷酸位置,扩增17个不同大小的片段,制备分子量内标。  4、以pUC18质粒为模板,选取927至1425核苷酸位置,扩增5个不同大小的片段并用不同荧光标记,制备Matrix荧光校正品。  5、以群体遗传学调查观察到的不同等位基因个体DNA为模板,分别扩增每个基因座,扩增产物按比例混合、平衡,再以其稀释液为模板进行扩增,制备STR复合扩增系统的等位基因ladder。  6、用构建的复合扩增系统检测灵长类动物(黑猩猩、狒狒、猕猴、狐猴)和非灵长类常见动物(狗、猫、鼠、猪、牛、羊、鸡)以及微生物(白色念珠菌、酵母菌、大肠杆菌、粪肠球菌、具核梭杆菌、乳酸杆菌、滕黄微球菌、绿脓杆菌、表皮葡萄球菌、唾液链球菌),验证系统的种属特异性。  7、用构建的复合扩增系统检测稀释成4ng、2 ng、1 ng、500 pg、250 pg、125 pg、63 pg、32 pg、16 pg、8 pg的9948男性DNA标准品,检测系统的灵敏度。  8、用构建的复合扩增系统检测含不同浓度常见抑制因素(血红素、腐殖酸、EDTA、SDS、乙醇、咖啡、茶、牛奶、酱油、糖、烟蒂),验证系统的稳定性。  9、使用176份等位基因ladder样本,分别在3130xl和3730遗传分析仪上电泳分析,通过等位基因ladder中等位基因片段长度在不同仪器不同run中的平均值和标准差,来评估本复合扩增系统在3130xl遗传分析仪及3730 DNA分析仪上进行基因分型的准确性。  10、收集46份无关个体血痕样本,分别在3130xl和3730遗传分析仪上电泳分析,通过计算样本等位基因片段长度与等位基因ladder中等位基因片段长度的差值,来评估本复合扩增系统在3130xl遗传分析仪及3730 DNA分析仪上基因分型的精确性。  11、用构建的复合扩增系统检测不同的案件样本,验证系统的适用性。  12、用构建的复合扩增系统、商品化试剂盒(PowerPlex(R) Fusion系统、PowerPlex(R)18D系统、AmpFLSTR(R)SinoFilerTM试剂盒及AmpFLSTR(R) NGMTM试剂盒检测美国国家技术标准研究所DNA分型标准品SRM2391c及群体样本中的276份,验证系统的一致性。  12、2800M与9948男性DNA标准品定量后,按照1∶0、9∶1、4∶1、1∶1、1∶4、1∶9、0∶1不同比例混合,使混合后总的DNA模板量为1ng,用构建的复合扩增系统检测,验证系统对混合样本的检测能力。  13、用6.25μl、12.5μl、25μl的扩增体系,分别对模板量100 pg、250 pg、500 pg、1 ng的9948 DNA标准品进行检测,进行PCR反应体系的确证。  14、用1ng的9948男性DNA标准品作为模板,用于PCR循环参数(退火温度、最后延伸温度和时间、循环次数)的评估。STR基因座图谱的完整性、平均峰高值、均衡性等作为评价系统的性能指标。  15、分别以0.5×,0.75×,1.25×及1.5×PCR组份,检测1ng的9948男性DNA标准品,进行PCR反应成分的确证。  16、用群体样本验证系统的stutter、均衡性与丢峰率。  17、应用新构建的复合扩增系统对北方汉族547例无关个体血痕样本进行检测。统计分析23个STR基因座遗传多态性及相关法医学参数。  结果:  1、成功构建5色荧光标记的24个基因座复合扩增系统,并能在3130xl、3730等遗传分析仪上应用。PCR反应时长68分钟,直接扩增血痕与口腔拭子样本得到完整分型。  2、依据SWGDMA指南和CNS(GA/T815-2009)标准的验证实验显示,复合扩增系统灵敏度为125 pg~2ng,具有良好的种属特异性、稳定性、精准性和准确性,对案件检材具有良好的适用性,与商品化试剂盒分型比较呈现完整的一致性,可应用于一定范围内的混合样品分析,对于反应体积、循环参数、反应成分变化具有一定程度的耐受性,stutter的百分比<15%,基因座内均衡性>87%、同一荧光标记均衡性>60%、不同荧光标记均衡性>30%,在峰高50RFU、150RFU、450RFU下,丢峰率分别为0.18、0.09、0.01。  3、在群体研究中,除CSF1PO、D3S1358、TH01、TPOX外,其余STR基因座均呈高杂合性(He>0.7)、高个体识别能力(DP>0.9)、高多态性信息含量(PIC>0.7)。累积个体识别率(TDP)、无关个体偶和概率(TPI)、累积非父排除率(CPE)分别为0.999999999999999999999999999265、7.35×10-28和0.999996847。DNA数据库随机匹配概率,在547个样本容量内低至1.10×10-22,在中国DNA数据库(容量约1200万)为5.29×10-14。  结论:  1、本研究构建并验证了5色荧光标记的24个基因座复合扩增系统,联合CODIS与ESS核心基因座,极大降低DNA数据库随机匹配人数,提高数据库搜索精度;增强数据库兼容性,便于国际数据库数据分享;提高了个体识别能力,更加适用于失踪人口身源鉴定。其中9个基因座扩增片段长度<200 bp,有助于降解检材获得更多的基因分型。复合扩增系统检测和分析均基于现有仪器和软件,不必进行购买升级,节省成本,更适合于发展中国家或者市区级地方建库的需要。  2、本研究构建的复合扩增系统,PCR时长缩短为68分钟并实现了对血痕和口腔拭子样本的直接扩增。但是由于直接扩增样本的异质性和抑制性,均衡性在蓝色和黄色荧光内与不同荧光标记间的未达到标准,但不影响等位基因分型。  3、ESS扩展基因座(D2S441,D22S1045,D1S1656,D10S1248,D12S391)在中国北方汉族中亦呈现良好的遗传多态性。然而在国内仍缺乏以上基因座稀有等位基因的数据和文献,对进一步扩充等位基因ladder中的等位基因提出挑战。
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