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近年来研究发现，因长期以来生产性养殖的泥蚶，主要通过人工育苗提供苗种，苗种繁育所用亲贝均为人工养成，经过多年自繁自养和亲贝的随意选留，加剧了泥蚶的近交衰退，已不同程度地出现了遗传多样性减低、杂合度下降、生长速度减缓、抗逆性差、性状退化等问题。微卫星标记，具有多态性丰富、共显性遗传、重复性好、操作分析简单等优点，已被广泛用于群体遗传多样性评价、遗传连锁图谱构建、分子标记辅助育种等领域。本研究利用微卫星标记对泥蚶连续3代选育群体的遗传多样性进行分析，与基础群进行比较，考查随着选育代数的进行群体各种遗传指数的变化规律，为进一步优化育种方案提供参考。 本文通过微卫星分子标记技术对人工选育的泥蚶（Tegillarca granosa）群体进行遗传多样性分析。结果表明:在12个标记位点中，每个位点的等位基因数为2～9个，观测杂合度平均范围0.4195～0.4725，期望杂合度平均范围为0.5700～0.6323。哈迪-温伯格平衡检验结果显示，在48个群体-位点组合中有32个群体-位点组合显著偏离平衡。Shannon遗传多样性指数为1.0608～1.2242。群体间的遗传分化系数Fst值从0.0347～0.4549，平均值0.1930;基因流Nm值为0.2996～6.9617，平均值2.3367;群体近交系数Fis范围0.0052～0.7135，平均值0.2468。结果表明，连续的人工选育过程，群体的遗传多样性仍然比较高，但选育过程对群体的遗传多样性和遗传分化有一定程度的影响。 同时通过12对引物对“乐清湾1号”泥蚶群体的QTL分析，结果表明某些基因型的个体在泥蚶主要参数中存在数量相关关系:3039位点基因型BC壳长和壳宽显著大于AA基因型;3012-2位点基因型CE壳长、壳宽、壳高显著小于其它基因型、基因型CE重量显著小于基因型CC和EE;2679-2位点基因型CD宽显著小于AA基因型;3564位点基因型AD长度显著小于BB型、BB基因型壳高显著大于AD、BD、DD基因型、基因型BB重量显著大于AD、DD基因型;2692位点基因型EE长度显著小于CF基因型、CF基因型壳宽显著大于基因型EE、基因型CF重量显著大于基因型EE，通过运用分子标记技术和统计学原理对泥蚶基因型与数量生长性状结合，揭示具体基因位点与生长性状的关系。