目前我国行政事业单位内部控制发展较为缓慢,对此研究也较少,而研究中大部分也是理论研究,对实践的作用较小。不少行政事业单位现在仅仅是对制度的生搬硬套,理论不能与实践相结合,更不能结合单位自身特殊的状况设计出适合本单位的内部控制制度,因此对行政事业单位内部控制的研究就显得很重要。本文以Y市卫计委内部控制情况为研究对象,运用文献搜集、规范研究、案例分析等方法进行研究。本文首先是对内部控制国内外的研究情况进行了梳理,汲取了不同研究的成果,分析了各类研究的优缺点,为本文的展开打下来良好的基础。接着对行政事业单位,其中包含对行政事业单位、公共部门和非营利组织概念的辨析、卫生系统以及内部控制的概念进行了分析,分析了行政事业单位的内部控制与企业的内部控制的异同,并且对委托代理理论,公共受托责任,GONE理论和风险控制等对本文的研究有帮助的理论进行了探索,运用理论对需要研究的问题加以分析。其次,在对文献、理论研究的基础上,以Y市卫计委为例进行了案例研究,对Y市卫计委内部控制的现状和问题进行深入剖析。发现了 Y市卫计委没有建立单独的内部控制领导小组,小组的组长需要单位的主要领导,单位职工对内部控制的重视程度不够,对风险点的梳理不足,内部控制制度不完善,部分业务不相容岗位与职责分离执行不到位,内部控制管理信息系统功能不全面等单位层面存在的问题,以及预算业务开展沟通不足、票据管理存在不规范现象、收支业务不规范、采购流程不正确等业务层面存在的问题。根据发现的问题,进而研究了问题产生的原因主要有单位内部控制环境不够成熟,内部控制制度不完善,内部控制信息化建设被忽视等。再次,从单位层面和业务层面入手,提出了 Y市卫计委应建立内部控制领导小组、加强对内部控制的重视和学习,定期进行风险排查,完善内部控制制度建设,完善对关键岗位职工的选拔和不相容岗位的管理,加强信息系统建设,建立内部控制的监督与评价机制,加强预算管理,加强资产管理等建议。最后,根据文献、理论、案例等的研究,总结了 Y市卫计委提高内部控制水平的相关建议,并上升到行政事业单位层面,提出更普遍的解决问题的措施。希望本文的研究不仅对提高Y市卫计委单位的管理水平和风险防范能力有所帮助,也以从个性的案例出发,辐射到共性的方面,能够为内部控制制度等在卫生计生系统内部发展的进步,以及行政事业单位中的内部控制的提高,提供一些新的思路。