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银鮈（Squalidus argentatus）隶属于鲤科（Cyprinidae）、鮈亚科（Gobioninae）、银鮈属（Squalidus Dybowsky）。银鮈广泛分布于东亚地区，包括韩国、日本、中国大陆至台湾。本研究基于微卫星和rpS7标记对9个水系的银鮈群体遗传结构与系统发育地理研究进行分析，结果：1．筛选并设计合成了11对微卫星引物，对43尾银鮈的遗传多样性进行分析，每个微卫星位点等位基因数在长江和钱塘江群体中为3-14个，分别从0.333到0.954和从0.480到0.928。长江种群的期望杂合度HE和观测杂合度HO分别为0.480-0.923(平均0.767)和0.333-0.857(平均0.668)。而钱塘江种群的HE和HO分别为0.717–0.928(平均0.830) and0.476–0.954(平均0.747)。检测发现长江的MISA10和钱塘江的MISA11均显著偏离Hardy–Weinberg平衡。2．选择其中多态性高且稳定的9对微卫星引物对9个银鮈群体（黑龙江HL，长江AH，钱塘江KH，瓯江JY，闽江SC，九龙江LY，珠江SG，韩江SK，昌化江CH）作了遗传结构分析，总共获得111个不同的等位基因，各种群的等位基因数平均值为8.0，平均期望异质度为0.56-0.68，显示银鮈种群的多态性较高，近交系数（FIS）为正值，显示种群可能有近亲交配的情形。利用FST and RST两个种群分化参数，计算两两种群间的遗传分化指数，在FST参数上其范围由0.0012-0.1677，平均值为0.068，在RST参数上其范围由-0.0270-0.4455，平均值为0.354，说明银鮈种群间存在着分化。进行相关性测验（Manteltest）的结果显示，银鮈种群的遗传距离与地理距离并不呈现相关（R2=-0.000004; P=0.45）。空间分子变方分析（SAMOVA）空间与地理种群的分群关系，分析结果显示，银鮈种群的最佳分群是四群，分别是：一、HL、LY与SK，二、AH，三、CH，四、其他种群，其变异出现在分群间为8.69％，分群内种群间为14.22％，在种群内为77.09％。利用Structure软件中分析，其最佳分群K=5。表明银鮈种群可能只有一个起源种，其他9个种群都是从一个祖先衍化而来，导致种群间遗传差异较低。利用BOTTLENECK软件，进行瓶颈效应分析，在两个演化模式（SMM与TPM）下进行分析，结果显示在Wilcoxon’s sign rank测验下，有六个种群曾经发生过瓶颈效应，分别为：AH, KH, JY, SC, SG与CH，表明目前种群大小趋于变小。利用population软件进行银鮈种群亲缘关系的分析，结果显示银鮈种群可以分为三群，一、SG，二、HL, JY, CH, SC and KH，三、SK, LY and AH。3．对9个银鮈群体的156尾银鮈个体所作的序列分析表明，rpS7片段长为960bp，共有391个变异位点，137个单倍基因型。其中，A所占比例为30.6%，T为33.1%， C为16.1%， G为19.7%，具有明显的A-T偏向性。各种群的单倍基因型多样性（haplotype diversity;h）为0.890-1.000，平均0.997。在核苷酸多样性上，利用θ与π值来评估，以银鮈所有个体来看，其θ与π的平均值分别为0.089与0.027，显示出高单倍型多样性和低核苷酸多样性。亲缘关系分析：利用MEGA5.0以Neighbor-joining法重建银鮈之个体亲缘关系树型图，结果显示本研究的银鮈个体在S7基因座上共呈现二个lineage（A，B）。根据lineage中各单倍基因型与地理群体的分布，发现lineage A包含的个体在所有采样地理群体中都存在，但lineage B则只包含长江、钱塘江、瓯江、闽江、九龙江与韩江等种群个体。遗传结构分析：利用Arlequin3.5软件分析，比较种群间分化指数，银鮈群体的分化指数为0.271，两两群体比较上来看，银鮈群体间的FST为0.005~0.658，显示银鮈群体具高度分化现象，依据银鮈的两个lineageA与lineage B，进行群体分化的分析，发现两个lineage的群体分化指数高达0.317，显示银鮈的两个lineage具有极大的差异性。AMOVA分析显示71.96%变异来自群体内的差异，地理区内群体间仅占29.12%，地理区间变异占-1.08%。地理区个体间的ΦCT值为-0.01078（p=0.481），地理区内群体间个体ΦSC值为0.288（p=0.00000），群体内各体间ΦST值为0.280（p=0.00000）。结果显示在核基因S7上这样的分群并不能显现地区的分化情形。群体历史变动分析：利用DNASP5.0进行中性假说测验的分析显示银鮈群体曾经发生过扩张，并利用Beast1.6软件进行贝氏天际线点图绘制，结果显示约125000-250000年前发生群体扩张的现象，若以lineage来看，lineage A之银鮈群体约在200000年前发生群体扩张的现象，而lineage B之银鮈群体约在250000年前发生群体扩张的现象。通过建立银鮈种群遗传结构数据库，重建九个水系银鮈的系统发育关系，为研究中国淡水系和地理演化过程奠定基础，同时为我国淡水鱼类提供合理的保护策略。