在我国经济社会转型期，高等教育最显著的变化是迈入了大众化发展阶段，普及与提高的任务并重，效率与公平必须兼顾。以此为背景，坚持公益性办学原则，鼓励和规范社会力量参与高等教育办学活动，提高民办高等教育质量，成为我国发展高等教育的重要课题。独立学院是我国发展民办高等教育的一种模式，适应了我国高等教育大众化发展需要，顺应了当今公私合作提供高等教育产品的世界性潮流，反映了高等教育领域社会教育权的回归。从西方发达国家高等教育大众化发展的历史经验来看，独立学院应该逐步发展成为传播技术、培养范围更广泛的技术和经济精英的大众型大学。非营利组织的发展代表了当代“公民社会”的兴起，是克服政府和市场“失灵”的一种制度安排选择，也是国外大众型的私立大学普遍采取的组织形式。促进独立学院向非营利组织转型，应是发挥其大众教育功能、克服自身“失灵”的一种合理的制度选择。教育的公共治理是传统教育行政管理的范式转生，是政府与民间、公共部门与私人部门之间的合作与互动。我们将独立学院的公共治理活动视为一个开放的社会政治系统，是政府部门和利益相关者围绕提高独立学院办学质量、提供更加充分的教育、实现公共利益最大化的共同目标而展开的一系列持续互动的过程，是关于独立学院办学过程中相关契约的达成、实施和救济的一系列制度安排和作用机制，并通过权利配置和机制设计实现总体利益最大化。论文的创新之处主要体现在以下几点：1.从系统的角度出发，以独立学院办学功能——制度结构——公共治理之间的互动关系为逻辑结构，研究了公共治理的社会需要／内部需要与权利／秩序两对功能范畴组合成的四种基本功能及制度安排，提出了实现治理功能的四种公共治理机制，从而构建了一个独立学院公共治理的系统分析框架。2.从高等教育大众化的社会需要出发，在认知合理价值观指导下，研究了独立学院的社会化、选拔的功能与本科教育、应用型人才培养的功能这两组范畴组合而成的四种基本功能及制度安排，使传递价值、服务经济、培养精英和发展学术等功能需求整合为一体，超越了狭隘的、非本质的“经济功能”认识。3.以非营利组织的视角，分析了独立学院办学模式中准私人品制度安排等四个特征，研究了潜—显功能和正—反功能的四种功能组合取向以及办学模式中三个层面的不匹配，并论证了向非营利组织转型的必要性。从而超越了政府和市场机制两者间非此即彼的传统研究范式，为探讨独立学院“失灵”的原因及转型的途径提供一种新的思路。4.在公共治理机制研究中，以系统动力学因果关系分析法，探讨了独立学院政策过程的补偿性反馈，并运用公共品私人供给的博弈模型，探讨了鼓励私人参与合作的改进策略和机制设计；尝试通过AGIL分析方法，把影响独立学院办学质量的制度因素系统化，并探讨外部评估制与质量保障功能的匹配；通过对独立学院的治学结构的功能—结构分析，研究了大学发展观和学术发展机制对公共治理的重要意义。