转录调控计算分析平台的开发及其在肿瘤发病机制研究中的应用

来源 :上海大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sjzshiyijshan
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针对ChIP-on-chip(chromatin immunoprecipitation on chip)等高通量组学研究的特点和需求,我们利用并行计算技术开发了一套转录调控网络分析系统,能根据计算机的资源使用情况动态地调度计算任务。首先设计了通用的底层数据处理模块,实现了ChiP-on-chip芯片试验的自动化流程分析模块和DNA富集片段的转录因子结合位点分析模块。然后进一步搭建了研究转录调控网络与miRNA调控网络关系的前期平台。利用构建的平台我们成功地分析了AML白血病发病机制及可能治疗方案的相关芯片实验数据,并有效地挖掘了具体实验条件下特定转录因子基因组结合信息。该研究探索了在海量生物信息数据分析与挖掘过程中具有自动任务调度功能的智能并行计算技术,实现了互相独立的并行计算模块和分析模块,具有很好的重用性和可移植性,为后续组学数据的整合分析奠定了基础。
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