本研究采用不同的分子手段对华南地区，以及印度洋及西太平洋地区两种特殊生境：石灰岩生境和海岸潮间带的植物进行遗传多样性以及亲缘地理格局的研究。从分子水平上分别了解报春苣苔、桐花和杯萼海桑在各自生境的遗传多样性和遗传结构，对于特殊生境植物的保护政策和措施的制定具有重要意义。 报春苣苔，是一种仅在华南石灰岩生境分布的濒危物种。本研究采用AFLP分子标记对不同地理位置(湖南九疑山、广东清江、阳山、连州)的报春苣苔作了分析，揭示报春苣苔的遗传多样性，和在石灰岩生镜下不同居群之间的遗传分化。本实验筛选了四对AFLP选择性扩增引物共检测出250个位点，其中多态位点214个，多态位点百分率为85.6％，基因多样性指数(He)为0.3386；表明报春苣苔有很高的遗传多样性，这可能与报春苣苔进化历史和生长环境较独特等生活史特性相符。在居群水平上，AFLP方法检测的多态位点百分率分别为47.2％-60.80％；基因多样性指数分别为O.1916-0.2357。全部4个报春苣苔居群AFLP分析的遗传分化系数(GST)为0.3504，基因流(Nm)为0.47；与所有植物同工酶分析结果比较，表明报春苣苔居群间有一定的遗传分化，基因流不显著。AMOVA分析表明遗传变异主要来源于居群内部。考虑到为了尽可能地保持报春苣苔的遗传多样性，我们提出原位保护的策略。同时对其特有的石灰岩生境也要加以重视和保护。 桐花树(Aegicerascorniculatum)属于紫金牛科(Myrsinaceae)的桐花树属(Aegiceras)，是一种广布的红树植物，常作为优势树种出现在红树林外缘。本研究从48对引物中筛选出7对引物，对分布于泰国、中国和澳大利亚的13个种群，共210个桐花树个体进行AFLP扩增，共扩增出514条带，其中多态带495条，多态位点百分率(P)为96.3％，期望杂合度(HE)为0.305；表明桐花树具有较高的遗传多样性，这与桐花树木本、多年生、混交等生活史特征以及广泛的地理分布相符。在种群水平上，P为8.56％～84.24％(平均为26.21％)全部13个种群的遗传分化系数(GST)为0.6727，基因流(Nm)0.122。表明桐花树种群问有很高的遗传分化，基因流很小，要保存其遗传多样性，需要采样多个种群。基于Nei遗传距离的UPGMA聚类图表明中国、泰国、斯里兰卡和澳大利亚四个国家桐花树种群独立分开，四地种群有较大的遗传差异。AMOVA分析表明泰国种群中遗传变异有51.77％存在于泰国马来半岛东、西海岸间，28.46％存在于地区内不同种群间，19.77％存在于各种群内。泰国马来半岛东、西海岸种群间的差异可能与历史地理事件、气候、地理隔离、洋流等因素有关。 采用cpi基因对杯萼海桑的亲缘地理学研究表明，杯萼海桑在物种水平上的基因多样性h=0.7796，居群水平上的核苷酸多样性π=0.005635，显示了较低的遗传多样性。Fst值为0.9159接近于1，表明绝大多数遗传变异存在于居群间，仅有少量(不到10％)遗传变异分布在居群内。Mentaltest结果表明，遗传距离和地理距离之间几乎没有相关性。单倍型分析检测到8个单倍型，大部分不同国家之间的居群存在着强烈的遗传分化。