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三叶草的多叶型与标准型是以蒙农三叶草1号为母本和白三叶为父本进行远缘杂交及胚拯救技术而获得的Fi代株系。自2005年以来,经过对Fi代的胚离体培养、茎段离体培养器官发生和胚萌发适应条件等一系列研究,得到可以在温室和田间栽培的F1代植株。在杂交培育的研究过程中,部分三叶草植株出现4～5小叶的多叶型性状。通过对这些植株的根蘖进行营养扩繁,形成一系列多叶型株系。这一发现对于新品种的培育具有重要意义。为探索三叶草多叶现象的分子机制,本研究选择其中一个多叶型三叶草株系(1-1)和标准型三叶草株系(2-2)为研究对象,分别作为试验组和对照组,每组设立三个生物学重复。T1、T2、T3为试验组样品,T4、T5、T6为对照组样品,基于RNA-Seq技术,对6个样品进行转录组测序分析。主要研究结果如下:(1)转录组数据分析得到多叶型三叶草与标准型三叶草的差异表达基因共1985个,包括794个上调基因与1191个下调基因。GO功能注释表明差异表达基因主要富集在蛋白质磷酸化(Protein phosphorylation)、防御反应(Defense response)、核(Nucleus)、细胞质(Cytosol)、氧化还原酶活性(Oxidoreductase activity)和蛋白质结合(Protein binding)等过程。(2)在差异表达基因中发现多叶型三叶草的特定表达基因68个,标准型三叶草的特定表达基因121个。KEGG富集分析表明,多叶型三叶草的一个特定表达基因(c68409.graph_c0)富集在同源重组(Homologous recombination)、错配修复(Mismatch repair)、DNA复制(DNA replication)、核苷酸切除修复(Nucleotide excision repair)信号通路。提示该基因可能在细胞减数分裂过程中参与DNA复制、核苷酸切除修复、同源重组和错配修复等生物学过程。这为进一步探究蒙农三叶草1号与白三叶杂交后代出现多叶性状的分子机制提供了理论依据,对今后深度挖掘影响三叶草多叶性状稳定遗传的潜在基因具有重要意义。