肺腺癌CD8阳性T淋巴细胞浸润相关基因的鉴定及其作为肺腺癌预后标志物的研究

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:happy_hoo
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:肿瘤免疫微环境对肿瘤患者的临床结局起着至关重要的作用,肿瘤免疫治疗的成功依赖于免疫效应机制的诱导,免疫效应机制与免疫微环境中肿瘤特异性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocytes,CTL)的产生有关。CD8阳性T淋巴细胞是免疫微环境的主要效应细胞之一,在肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)的发生发展中起重要作用。本研究旨在探索与LUAD中CD8阳性T淋巴细胞浸润相关的关键基因,并以此为基础建立一种新的预后模型。方法:本研究选取了肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中LUAD相关数据进行了分析,对基于这些癌症样本的差异表达基因(differently expressed genes,DEG)进行加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,WGCNA),结合 CIBERSORT 算法,选取 WGCNA 中与 CD8 阳性T淋巴细胞相关性最显著的基因模块进行后续分析。然后通过共表达网络、蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPI network)、cox 单因素回归分析和lasso降维方法确定关键基因。基于这些关键基因构建了风险评估模型,并利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的数据集以及肺腺癌组织芯片的多色免疫荧光原位杂交实验进行了验证。结果:根据TCGA数据库中529例LUAD相关数据(癌症样本478例,癌旁样本51例)调取出8807个基于癌症的差异表达基因,其中包括2172个上调基因和6635个下调基因;然后基于DEGs进行加权共表达网络分析(WGCNA),共得到11个分类模块,利用CIBERSORT算法对每个样本进行免疫细胞浸润分析,得到各T cell亚类的比例,将分类模块与细胞比例进行关联分析,得到与CD8+T cell浸润相关的.模块,其内包含275个基因;进一步筛选模块中的关键基因(hub genes),得到93个具有高节点度(degree)的基因,利用模块中的基因构建PPI network,从中筛选到46个具有高degree的蛋白质编码基因,合并两种筛选的结果,最终得到1 17个免疫细胞浸润相关的hub genes;利用批量cox单因素回归进行筛选,得到34个预后相关基因,对这些基因进行lasso降维,最终确定了 CD8阳性T淋巴细胞浸润相关的5个关键基因(MZT2A、ALG3、ATIC、GPI、GAPDH),同时在此基础上建立了风险评估模型,即:风险评分(Risk score)=MZT2A*0.035+ALG3*0.084+ATIC*0.104+GPI*0.125+GAPDH*0.134。为了验证模型效能,计算每个样本的风险得分,然后以中位数为节点划分高低风险组,并绘制Kaplan-Meier曲线,曲线中高低风险组的差异显著,同时绘制风险模型的受试者工作特征曲线(Rece i ver Operating Characteristic Curve,ROC),计算曲线下面积(Area Under Curve,AUC),得到的AUC值大于0.6,表明风险评分可以很好地预测LUAD的预后,风险评分与CD8阳性T淋巴细胞浸润程度呈负相关,与肿瘤分期呈负相关。GEO数据库和组织芯片结果与TCGA数据库结果一致。此外,风险评分在肿瘤组织中显著上调,且与肿瘤分期相关。结论:本研究筛选出了与CD8阳性T淋巴细胞浸润相关的关键基因,利用这些关键基因建立了肺腺癌的预后风险评估模型,此可能为LUAD预后的预测提供一种新的方法,即根据评分确定肺腺癌的预后情况,评分同时与CD8阳性T淋巴细胞浸润相关,其为探讨LUAD中与CD8阳性T淋巴细胞浸润相关的肿瘤免疫微环境机制提供新的前景。
其他文献
研究目的本研究旨在分析中国女性生殖衰老过程中睡眠障碍的特点以及中西方女性之间差异,探讨中国女性围绝经期中重度睡眠障碍相关影响因素。研究方法协和女性生殖衰老队列是2005年创建并持续至今的长期前瞻性社区队列研究。统计分析该队列研究数据库中每位受试者的所有人口统计学、月经记录、既往史、体格检查、血液生化检查、骨密度、体成分的随访数据。整理数据库中每次随访问卷中的睡眠障碍症状(入睡困难、早醒)、血管舒缩
第一部分目的:二维斑点追踪超声心动图(2D speckle tracking echocardiography,2D-STE)是一种诊断冠心病(coronary artery disease,CAD)的新型无创超声技术。本研究旨在观察利用2D-STE技术鉴别可疑冠心病者的诊断效能。方法:本研究为单中心回顾性观察。入选2019年3月1日至11月30日在北京医院就诊的690例可疑冠心病患者。入选患者在
背景SUMO特异性蛋白酶1(SUMO specific peptidase 1,SENP 1)是参与小类泛素相关修饰因子(small ubiquitin-relatedmodifier,SUMO)修饰调控的重要蛋白。我们前期的研究表明,SENP1可能是非小细胞肺癌(NSCLC)中潜在的肿瘤促进因子。然而,SENP 1在肺腺癌进展中的作用尚未明确。本研究旨在探索SENP 1在肺腺癌中的作用及潜在的分
继发性二尖瓣反流在心力衰竭患者中的临床特点和预后分析背景:继发性二尖瓣反流(SMR)在心力衰竭患者中很常见,大约三分之一的心力衰竭患者存在中重度SMR。SMR可引起前负荷、室壁应力增加,从而导致心力衰竭症状和体征进展,是心力衰竭预后不良的重要因素。既往研究主要纳入HFrEF患者,SMR在HFmrEF和HFpEF患者中的临床特点和预后影响尚不明确。本研究的旨在评估SMR在不同类型住院心力衰竭患者中的
冠状动脉旁路移植术(coronary artery bypass grafting,CABG)是缺血性心脏病最主要的治疗方式,随着我国进入老龄化社会缺血性心脏病的发病率与带来的挑战日趋明显,我国CABG手术量在不断激增年。冠状动脉旁路移植术按照是否使用体外循环技术分为体外循环下CABG术(On-pump CABG)与非体外循环下CABG术(Off-pump CABG)。相比于On-pump CAB
第一部分基因型对肥厚型梗阻性心肌病患者行心肌切除术后远期预后的影响研究背景及目的肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是最常见的遗传性心肌病,主要由肌小节基因突变导致。HCM患者中有约三分之二为肥厚型梗阻性心肌病(obstructive hypertrophic cardiomyopathy,OHCM)。心肌切除术是治疗药物难治性OHCM患者的重要治疗手段。
研究背景:急性心力衰竭(acute heart failure,AHF)是威胁人类健康的严重疾病,绝大多数AHF患者在急诊室首诊和救治。现有临床研究资料较少关注急诊室内AHF患者预后,尤其是长期预后。研究方法:北京地区急性心衰注册登记研究(Beijing Acute Heart Failure Registry,Beijing AHF Registry)是一项前瞻性、多中心、观察性注册登记研究,研
第一部分:淫羊藿苷对早期激素性股骨头坏死兔骨组织形态和显微结构的影响目的:长期或大量使用糖皮质激素(glucocorticoid,GC)已经成为非创伤性股骨头坏死(osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的首要致病原因。该病发生机制复杂,临床诊疗十分棘手,目前尚缺乏特异性的治疗手段。淫羊藿苷(icariin,ICA)为8-异戊烯基黄酮苷类化合物,是中药淫羊藿的
研究背景冠心病和糖尿病均是慢性炎症性疾病。持续、低水平的炎症状态在疾病的发生、发展和转归中发挥重要作用。高敏C反应蛋白(hs-CRP)是目前研究最广泛的炎症标志物,能够灵敏地反映体内低浓度的炎症水平。急性冠状动脉综合征(ACS)合并糖尿病的患者,属于临床常见的发生血栓事件的高风险人群,hs-CRP能否预测冠状动脉病变复杂、严重程度以及长期预后,从而指导临床管理,目前尚无充分的研究证据,尤其缺少中国
背景:肌萎缩侧索硬化(amyotrophic lateral sclerosis,ALS)和额颞叶痴呆(frontotemporal dementia,FTD)逐渐被认为属于同一谱系疾病。ALS-FTD是一种罕见疾病,特别是中国。ALS-FTD预后较单纯的ALS或FTD更差。有研究发现认知障碍起病的ALS-FTD(cognitive onset ALS-FTD,ALS-FTD-C)中位生存期要显著