采用SNP芯片技术挖掘猪肉系水力相关基因的初步研究

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系水力是影响猪肉品质的关键因素,提高系水力是改善猪肉品质的有效途径之一。本研究以168头杜长大三元杂种猪为研究对象,通过压力法测定猪肉失水率以反映猪肉系水力高低。选择24个个体采用Illumina Porcine 60K SNP芯片进行全基因组分型,通过关联分析发掘与失水率性状相关的SNP位点。根据SNP芯片分析结果,结合SNP位点信息,选择位于系水力QTL区域或潜在相关功能基因内的5个SNP位点,扩大样本验证候选SNP位点与失水率的相关性。对与失水率相关的SNP位点进一步研究不同基因型间基因表达水平差异,以及基因表达水平与性状的相关性。以此在全基因组范围发掘与猪肉系水力相关的遗传标记或功能基因。主要研究结果如下:1.采用芯片技术筛选猪肉失水率相关SNPs根据芯片分析结果,在全基因组范围共筛选到F值大于3的SNP位点5520个,其中4239个SNP位点分别位于猪的18条常染色体上。从总体分布来看,每条染色体上相关SNP分布数量从最少99个到最多544个。SNP分布密度最低的为15号染色体,为每百万碱基对0.9个,最高的为7号染色体,每百万碱基对2.9个。全基因组SNP分布平均密度为每百万碱基对1.8个。根据SNP位点信息,选择位于系水力QTL区域或潜在相关功能基因内的5个候选SNP位点作进一步研究。其中3个SNP位于2号染色体QTL区域内的KCNN2、 FBN2、ARHGAP26基因内,2个SNP位于13号染色体潜在相关功能基因MUC4、HGA-9内。2.候选SNP位点与失水率相关分析扩大检验样本,采用PCR-SSCP和AS-PCR技术对5个候选SNP位点进行分型,在大群体中分析候选SNP位点与失水率的相关。结果表明,KCNN2、MUC4基因SNP位点3种基因型之间失水率无显著差异(p>0.05);FBN2基因SNP位点两种纯合子间无差异,但杂合子AG型失水率显著高于AA型(p<0.05);ARHGAP26和ITGA-9基因SNP位点两种纯合子间失水率差异显著,其中ARHGAP26基因GG型失水率显著低于AA型(p<0.05)ITGA-9基因CC型失水率显著低于TT型失水率(p<0.05)。3.ARHGAP26和ITGA基因SNP与mRNA水平及失水率相关分析对ARHGAP26和ITGA-基因SNP与背最长肌中基因表达水平做进一步分析,结果表明,ARHGAP26基因GG型mRNA表达水平显著高于AG型和AA型(p<0.05);ITGA-9基因CC型表达水平显著低于CT和TT型(p<0.05)。选择失水率高组(29.9±4.1%)和低组(11.2±1.0%)各11个个体(p<0.01)进行候选基因表达分析,结果表明,ARHGA P26基因和ITGA-9基因mRNA表达水平在高低组间差异均达到显著水平(p<0.05),两个基因表达水平与失水率相关系数(r)分别为-0.34(p<0.05)和0.33(p<0.05)。
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