本文通过对产业多样性和专业化、知识溢出影响区域创新绩效的微观机理的研究,试图找出产业多样性和专业化各自起作用的区域,为解决产业多样性与专业化哪个更有利于区域创新这个争论问题开辟新的思路,为地方政府制定产业结构优化政策提供一定的理论和经验指导。本文选取我国20个省(市)级区域单位5个高技术产业2000年~2009年的面板数据研究产业多样性、专业化通过外部性对区域创新绩效的影响,结果发现,在全国大部分地区,产业多样性、专业化和市场竞争与创新绩效之间存在着正相关关系,产业专业化和多样性的乘积对创新绩效有显著的正效应,知识溢出与创新产出之间是相互促进的关系。在沿海规模较大地区,应降低产业专业化水平,在提高多样性与专业化乘积的同时适当提高多样性水平;在内陆规模较小地区,关注的重点是专业化水平和多样性水平的乘积,应在提高两者乘积的同时根据自身实际情况调整两者的比重;在内陆规模较小地区,多样性水平应降低到临界值的水平,同时考虑调节专业化的水平。三类地区的市场竞争均促进创新发展,应提高到临界值的水平。从分地区分规模的分析可知,产业结构与知识溢出对创新绩效的影响很大程度上取决于区域的规模和地理位置。