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油茶(Camellia oleifera)是我国南方独有的食用木本油料树种,油茶种子榨取的油称为茶油,富含油酸、亚油酸等不饱和脂肪酸,是一种优质食用油,茶花具有很高的观赏价值,可以用来作为园林的绿化树种；油茶树是我国南方江河流域重要的水土保持物种之一,具有很高的生态价值和经济价值。本研究利用ISSR分子标记技术对山茶属5个野生油茶种进行遗传多样性及亲缘关系分析,并构建其DNA指纹图谱,为油茶优良性状的选择,分子标记辅助选择育种以及杂交育种提供分子依据。本研究以5个野生油茶种共100份样品为供试材料,首先采用单因素实验设计对影响野生油茶ISSR-PCR反应体系的5个因素进行优化,再进行正交试验设计并结合方差分析确定了野生油茶ISSR-PCR的最佳反应体系：在20μL的反应体系中,DNA模板为30ng, ISSR引物浓度为0.7μmol/L,dNTPs浓度为0.25mmo1/L,Mg2+浓度为2.0mmol/L,Taq DNA聚合酶的量为1.75U。利用已建立和优化的ISSR-PCR反应体系,从100条ISSR引物中选取10条引物,并确定其最佳退火温度。通过ISSR-PCR反应扩增,10条ISSR引物共扩增出166条条带,平均每条ISSR引物扩增出16.6条带,其中具有多态性的条带有159条,多态性条带占95.78%。扩增谱带的长度范围在200～2700之间,这5种野生油茶种群的多态位点百分比按高低依次为：攸县油茶>小果油茶>短柱油茶>溆浦大红山茶>栓壳红山茶。利用NTsys2.10e软件对5种野生油茶进行遗传一致度和遗传距离分析,并进行UPGMA聚类,结果表明,小果油茶和短柱油茶在亲缘关系上最近,小果油茶与溆浦大红山茶亲缘关系最远。利用10条引物对这5种野生油茶进行ISSR分子标记分析,扩增结果和数据分析显示,UBC844、UBC873和UBC899三条引物可以把这5种野生油茶完全鉴别开来,其它7条引物并不能完全对这5种野生油茶单独鉴别。利用引物UBC899扩增出的21条特异性条带,运用0/1数字矩阵构建了这5种野生油茶100份样品的特异性DNA指纹图谱,对油茶的遗传育种及杂交育种提供指导。