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大黄鱼在我国海水鱼类养殖业中占有重要的地位。进行品质遗传改良一直以来是遗传育种的主要目标。本文综合采用连锁分析和关联分析对大黄鱼LG家系和随机群体的表型性状进行了QTL定位。主要研究结果如下: 1.表型数据分析 LG家系群体的12个表型性状（体重、全长、体长、体高、体厚、头长、吻长、眼径、尾鳍长、尾柄长、尾柄高和躯干长）都服从正态分布，显示出连续变异的特点。随机群体的7个性状指标（胴体重、全长、体长、尾柄长、尾柄高、肥满度和净重率）之间相关程度均达到极显著水平(P＜0.01)，且都服从正态分布。 2.LG家系形态性状QTL定位 采用MapQTL60软件对形态性状进行定位分析。在19月龄中，共定位到17个QTL，分布在2、3、5、9、18、20、22和23连锁群上，单个QTL可解释的表型变异率为222％-36.8％在24月龄中，共定位到25个QTL，分布在1、13、14和24连锁群上，单个QTL可解释的表型变异率为132％-371％，未定位到眼径和尾鳍长相关的QTL。观察发现，控制不同性状的QTL被定位在同一连锁群相同或相邻位置。这一现象暗示着同一个QTL可能同时控制着多个表型性状，并且这些表型性状可能具有共同的遗传基础。另外，控制同一性状的QTL在不同时期会发生迁移。 3.LG家系形态性状GWAS分析 采用单标记关联分析对LG家系群体表型性状进行定位，19月龄共检测到16个与性状显著关联的SNP位点，分布在2、3、9、13、18、21、22和23连锁群。24月龄共检测到31个关联的SNP位点，分布在1、5、7、13、14、18和24连锁群。其中，体重、全长、体长、体高、体厚、头长、吻长、眼径、尾柄长、尾鳍长、尾柄高和躯干长在19月龄和24月龄关联的SNP数目分别为1(5)、1(4)、1(4)、1(2)、1(4)、3(1)、1(1)、2(1)、1(3)、1(1)、1(3)、2(2)，括号内为24月龄SNP数目。 4.随机群体大黄鱼表型性状GWAS分析 通过GBS测序技术挖掘SNP标记，经质控后，最终500个体和24645个SNPs用于关联分析。在全基因组范围内共检测到68个SNPs与7个生长性状显著相关（P＜10-6），其中与胴体重、全长、体厚、尾柄长、肥满度和净重率显著关联的SNP数目分别为9、6、7、9、12、2和23。观察发现，控制不同性状的位点被定位在相同染色体相同位置。以1号染色体为例，位于1号染色体199Mb和24.4Mb位置的位点同时与胴体重、全长、尾柄长和尾柄高显著关联，说明这两个位点可能同时影响着这4个性状，并在这两个位点附近发现SGCZ、XPNPEP1、PNPLA6等基因，这些基因可能紧密连锁并同时影响大黄鱼生长相关性状。