随着信息技术的发展，政府信息系统越来越复杂化、大型化、多样化和网络化，各种电子政务信息系统正在成为政府业务处理、流程审批的核心。但是，电子政务信息系统在给政府和公众带来方便和利益的同时，也带来了极大的风险，因为原有的审计部门在业务、技术和专业知识等方面不能满足信息系统风险管理的需求，组建专业的电子政务信息系统审计部门成为当务之急。在我国，由于技术的限制等原因，电子政务信息的使用者不能自己验证信息的质量，因此急需有独立的第三方出面对电子政务信息系统进行审计，以合理保护信息使用者的利益。但是由于政府的传统行政模式和组织模式的影响，供需因素、市场因素的存在，以及我国电子政务和信息系统审计都处于初级阶段，因此，在我国建立完善的电子政务信息系统审计组织体系还是比较困难的，这就更需要对电子政务信息系统审计的组织模式进行深入研究，以建立符合我国国情的电子政务信息系统审计的组织体系。本文的写作就是在这样一种背景下展开的。本文从研究背景及研究目的开始，经由文献探讨和资料汇集，从中分析电子政务信息系统审计的内涵及组织模式特征，并确立分析方法，而后通过中外比较分析与研究，进一步研究电子政务信息系统审计的组织结构，并对电子政务信息系统三种审计组织模式进行比较分析，将电子政务信息系统民间审计作为研究重点，通过分析中外信息系统民间审计发展现状，论证了我国建立电子政务信息系统民间审计的可能性和必要性，进而探讨我国实施民间审计的组织模式的独立性问题，最后进行资料分析和讨论，提出研究结果与建议。其主要内容如下：第一章是绪论部分。本章简要地叙述了本文期望解决的问题、研究的思路以及创新之处。第二章是理论综述。主要介绍了国内外电子政务信息系统审计的相关领域的研究情况，其中包括定义、理论、人员资格和审计准则等研究，并最终概括出电子政务信息系统审计的内涵。第三章是对电子政务信息系统审计组织的结构进行了概括性的介绍与研究，为后续的论述提供理论支持和论证基础。本章首先研究了国内外电子政务信息系统审计部门的组织结构特征及相关机构，最后对电子政务信息系统三种审计组织模式进行了对比分析，从而将电子政务信息系统民间审计作为文章研究的重点。第四章是对采用民间审计模式的途径分析。本章首先对中外信息系统民间审计的现状进行对比分析，进而通过对相关因素进行分析，最终探讨我国建立电子政务信息系统民间审计的可能性和必要性。第五章是对电子政务信息系统民间审计独立性的研究。本章首先指出独立性问题是电子政务信息系统民间审计最为重要的主导因素，接下来对民间审计主体独立性的内涵、相关理论进行辨析，分析和研究影响独立性的因素，最后提出提高独立性的建议和举措，以确保电子政务信息系统民间审计模式在我国的实现。在以往的信息系统审计的研究中，多数研究都是将重点放在理论和企业信息系统的领域内，很少有针对政府和电子政务方面的深入研究和探讨，本文的主要创新在于结合电子政务、IS审计等理论和方法，采用中外对比分析的方法，对电子政务信息系统审计的三种组织模式进行研究与探讨，并进一步对电子政务信息系统第三方主体审计模式(民间审计模式)及其独立性问题进行重点探讨和研究，最终提出了提高电子政务信息系统民间审计组织独立性的举措和建议。