生产、销售有毒、有害食品罪的犯罪特征主要体现在严重危害人体健康、犯罪趋势逐年递增、犯罪方式不断增多、查处难度加大等。在司法适用过程中也存在诸多疑难问题。首先,客观方面要件要素的疑难问题。主要包括犯罪对象、行为方式和客观方面情节的认定。在犯罪对象部分,对“食品”、“非食品原料”、“食品添加剂”及“有毒、有害”的理解进行了论述。“食品”是本罪在适用过程中的首个争议焦点。食品不仅包括加工食品,还包括食品原料、食品农产品、保健食品等。包括供人食用或饮用的物质；冒充食品但实质不适宜食用的物质；在经营场所售出的食品或是自产自销的食品等。“非食品原料”相对于食品原料,用于食品加工时必须严格按照相关规定使用。“食品添加剂”是非食品原料的一种,两者的关系是包容与被包容,且非食品原料范围远远大于食品添加剂。“有毒、有害”的认定标准主要以鉴定为主,不鉴定为辅。行为方式主要是对“销售”、“掺入”进行界定和分析。生产、销售有毒、有害食品罪规定了两种销售行为。第一种是指在销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料；第二种是指明知是掺有有毒、有害的食品仍要销售。“掺入”应作扩大理解。包括渗透、浸泡、洗涤、涂抹,甚至包括反向析出。其次,主观方面要件要素的疑难问题。生产、销售有毒、有害食品罪的主观方面仅为间接故意还是包括直接故意。在适用“明知”时需要主客观相结合,从食品成色、气味、进货渠道、购买价格等方面综合判断。再次,共同犯罪的疑难问题。提供屠宰帮助行为和流通者是否构成共犯需根据客观方面和主观方面是否具有可支配性来具体判断。生产、销售有毒、有害非食品原料的行为是否构成共犯需分为五种情形讨论：第一种情形不构成犯罪；第二种情形构成非法经营罪；第三种情形构成生产、销售有毒、有害食品罪的帮助犯；第四种情形构成生产、销售有毒、有害食品罪的正犯；第五种情形构成生产、销售有毒、有害食品罪的片面共犯。最后,与相关犯罪在司法实践中如何界分的问题。以生产、销售有毒、有害食品罪的构成要件为基本框架,与生产、销售不符合安全标准的食品罪、投放危险物质罪、以危险方法危害公共安全罪相比较。