作为支撑集装箱在码头装卸和转运工作的集装箱码头交通系统，其运行效率的高低直接决定了码头的整体作业效率和服务水平，从而影响整个港区的道路运行情况、港口集疏运的服务水平。对码头建设前期进行优化设计，在运营管理阶段进行优化后的运输组织，是保证集装箱码头企业高效、低成本运行的基础工作。虽然已有包括建立解析模型、仿真软件等集装箱码头系统的优化研究工作，但假设较多，没有采用多主体决策方法，无法反映内部复杂的非线性交通行为；仅有的微观元胞自动机仿真方法仅局限于码头系统的某一模块，二维元胞自动机模型不能刻画集装箱在三维空间中的挪移过程。基于此，本文通过建立集装箱码头系统三维元胞自动机模型，对其交通系统进行优化研究，主要工作可概括为以下几个方面：（1）根据集装箱码头业务流程、集装箱和集卡的运转规则，建立包括码头前沿船边装卸子系统、前方堆场子系统、码头道路系统和闸口子系统等组成的元胞自动机模型，其中针对堆场子系统中集装箱的翻箱和转移采用三维元胞自动机模型进行描述，为集装箱码头交通系统优化研究提供贴合实际的仿真工具，为集装箱码头规划设计、运营管理优化提供基础平台。（2）采用建立的元胞自动机模型对码头闸口进行仿真实验，从前期场站设计和运营管理两个层面为闸口系统的优化提供切实可行的方法。对比设置不同通道数量和缓冲区长度下的系统运行状况，确定闸口的合理建设规模；提出在不同高峰时段调整各功能闸口数量借助于VMS进行显示，确定不同高峰期不同功能闸口通道的开放数量。实验结果表明采用本研究方法进行设计和运营管理，可确保闸口的高效运行并最大限度的减少排队现象对港区道路拥堵所造成的影响。（3）采用建立的元胞自动机模型对码头交通系统进行仿真实验。对比设置不同堆场数量和配备不同集卡数量下整个交通系统的运行效率，从系统性的角度确定堆场的合理规模以及所需配备的集卡数量。实验结果表明，采用本研究方法进行设计和运营管理，可得到优化后的堆场数量和集卡配备数量，从而实现集装箱码头交通系统的顺畅运行和集卡资源的高效利用。