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目的:研究乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)疫苗免疫保护失败的儿童患者体内病毒表面抗原基因(Surface gene),其a决定簇(a determinant)和主要亲水区(Major Hydrophilic Region,MHR)区段的变异情况,并结合与未接种疫苗的儿童患者体内病毒表面抗原及基因a决定簇和主要亲水区段的变异情况,比较不同组别之间的突变差异。方法:收集重庆地区乙型肝炎病毒疫苗免疫保护失败患儿(243例)及未接种疫苗的乙型肝炎病毒感染患儿(20例)血清样本,从样本血清中提取HBV病毒DNA,用巢氏PCR方法扩增HBV病毒的S基因区段,利用Sanger测序,得到不同患者体内的HBV S基因序列,利用HBV分型工具对所得序列进行基因型分析,然后将序列与相应基因型的标准序列进行比对分析,分析不同组中各位点的突变情况。结果:243例免疫保护失败患儿体内病毒a决定簇突变检出率显著高于20例未经疫苗免疫组患儿(31.7%vs 10%,P=0.044);免疫失败组儿童体内病毒MHR突变率数值也高于未接种组儿童,在统计学上差异不显著(49.8%vs 30%,P=0.106)。在疫苗免疫保护失败儿童组中,a决定簇和MHR区段的核苷酸突变的发生与病毒低水平复制显著相关:与各基因型野生型相比,突变组儿童的DNA滴度显著低于野生表型组儿童(log10 6.9±1.8 vs log10 7.7±1.8,P=0.000;log10 7.1±1.6 vs log10 7.6±1.9,P=0.000)。免疫失败儿童病例中,MHR突变组儿童谷丙转氨酶(Alanine aminotransferase,ALT)数值也显著高于未突变组(67.1±58.8 vs 56.5±51.8,P=0.018)。在243例疫苗免疫保护失败儿童体内病毒MHR区域中共检出145个变异氨基酸,热点变异类型主要包括I110L(6例)、K122R(15例)、T126A(18例)、I126T(14例)、M133L(7例)、G145R(6例)及Y161F(12例)等。进一步分析各类型突变与临床表型间差异,发现含G145R及Y161F突变病例体内血清病毒DNA水平显著低于无突变组(log106.8±1.1 vs log10 7.5±1.8,P=0.048;log10 5.0±2.6 vs log10 7.3±1.8,P=0.000)。结论:疫苗免疫保护失败儿童病例体内病毒a决定簇及MHR具有较高的突变率,且该区段的突变与病毒较低的复制水平及及较高的ALT相关。