霍乱弧菌检测芯片的研制

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霍乱弧菌是霍乱的病原菌。霍乱可以引起爆发、流行、大流行,严重危害人民健康,甚至社会安定。霍乱在南亚地区流行了至少上千年。自1817年以来,霍乱发生过七次世界大流行。历史上霍乱的七次大流行的病原菌,前6次是古典型霍乱弧菌,第七次是埃尔托型霍乱弧菌。1992年10月,一种被称为O139型的新型霍乱弧菌首次袭击印度大陆,引发了典型的霍乱爆发。一些专家指出,O139型霍乱弧菌很可能会引起第八次世界性霍乱大流行。 霍乱弧菌快速准确的检测,对于自然流行的监测与预防,具有重要意义。 20世纪90年代新出现和发展起来的基因芯片技术,是近年来在生命科学领域内兴起的一项高新技术。而用基因芯片检测霍乱弧菌的方法,迄今为止,世界范围内均末见公开报道。 为了成功地研制一块应用型的霍乱弧菌基因检测芯片,以λ噬菌体全基因组DNA模拟病原体霍乱弧菌的一个靶区域,试验性地对霍乱弧菌检测芯片探针的制备方法、样品的标记方法和芯片的杂交条件等进行了探索和优化。通过多种方法的试验和筛选,找到了一个简便有效的电泳条带的大规模批量回收转移方法,即牙签插胶法;在芯片探针制备的探索中,摸索出了一个简化的大规模地制备探针的方法,即GIN-PCR法。 从转化了含有λ噬菌体全基因组DNA的Sau3AI酶切片段的T-载体质粒的平板上,共随机地挑选了697个阳性白色克隆进行第一次PCR克隆鉴定。最后经过第二次PCR收集探针,共收集到394个Tarp探针,探针收集的成功率为56.5%。打印了一个含381个Tarp探针,4个阴性对照,7个空白对照和4个边角定位,共396个样品的λ噬菌体全基因组DNA微阵列。用此芯片进行的杂交实验显示,当芯片打印液中探针的浓度高于325 ug/mL时,平均信号强度已基本达到饱和。芯片扫描图中所显示的探针杂交信号均匀、稳定、饱满,完全符合检测分析的要求。 同时,利用建立的λ噬菌体全基因组芯片平台,成功地建立了一个快速基因芯片检测法。该检测法仅需要一小时样品酶切,一小时接头连接,两小霍乱弧菌检测芯片的研制时PCR样品标记和一小时芯片杂交,便可以在一个工作日即8小时内完成从新鲜样品的DNA提取开始到获得芯片检测结果的全部检测操作。 库霍丛弧直基酗攀坦叮趾与致鱼哪兰鲍些鲤缝擎里奥替即一皿基旦鱼鱼塑巡里塑塑和巡垦暨鲤鲤坚粤。用0“gO软件设计的LA一PCR引物对CTX一U/CTX一L和vPI一U/VPI一L,通过LA一PCR的方法,成功地扩增出了预期的CTX基因元件上的大小为7019bP的DNA片段和VPI上长19246bp的片段。以这两个霍乱弧菌特征性的DNA片段,利用GIN一PCR和Tarp探针制备法,分别制备一个含110个样品,r一一一一一一一通至剑醒翅巫鱼塑迎鱼坦孟一.进鲤塑卫梦。和一个含190个样品用于检测霍乱弧菌的VPI致病性岛的DNA亚阵列。最后将这两个亚阵列(sub一array)集合在一块芯片上,形成一一一-一~~一一~~~~~~J洗斟汉连巡遥鲤堕鱼些进生芯片与非霍乱弧菌翅罐鱼业壑睑姐夕达趣迅鲤吐里剑丝基因组DNA样品,组探针。第一组:鲤通鲤夔夔鲤里绝糙鱼缈最终亚立工西的探针;第二组:几、~~一~~~~一一~一~用于鉴定霍乱弧菌带毒的大流行株的特异性探针。 用上述通过霍乱弧菌标准株确定的检测探针,来试验性地检测了10个经过鉴定确认的霍乱弧菌样品,其中包括9个致病性流行株和一个无毒性的野澳.株。检测结果初步说明,班剑的洲霍丛西菌_T旦rP捡测莎片可成功地用于霍乱弧菌样品的检测,并确定被检测样品的带毒情况。》‘盔~=~一一二二二,~=赴、一一一一.下二二二‘一刁曰、训决护灿~一~,~一一=一一对同一样品用常规和快速两种检测法检测的结果进行比较,除了快速检测法的信号较弱外,芯片扫描鱼塾鲤噜和丝果缎读型鲤垦肇俞该冠改进俞丽巍丽忍一夏一二一二二二二二丁二二=,户一一一一卜,鲤里趾孽孟L呱菌的一恤p誉片的{呼检测。 综上所述,塑些望鱼塑产燮塾鱼丝二上塑壁迪些片制备技术和一个改进的芯片检测方法。利用这些方法,成功地研制了一块霍乱弧菌检测芯片。经过试验性样品杂交检测,结果证实,丽骊瘾鲡丽畜一尸一-一一一一一~一一一一Tarp检测芯片可成功地用于霍乱弧菌样品的检测,并确定被检测样品的带毒情况。在这个课题的研究实验过程中,还创新了具有推广价值的技术方法。广一一2夕
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