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本研究以新疆鹅喉羚(Gazella subgutturosa subgutturosa)为研究对象用分子生物学的方法,扩增新疆鹅喉羚线粒体DNA控制区基因序列,分析来自14个地点的108(95份粪便,13份肌肉)份样本,结合GenBank中下载的鹅喉羚相关序列,检测来自新疆各地的鹅喉羚种群的序列特征,遗传多样性,系统发育关系,基因流及遗传分化为进一步将世界鹅喉羚亚种分类和新疆鹅喉羚保护管理提供分子遗传信息有重要的研究意义。用MEGA5.10软件分析的新疆鹅喉羚不同地理种群132条(108条本研究所用样本和从Gene bank下载的24条序列)线粒体DNA控制区序列长度为785bp,共发现95个多态性核苷酸位点,单一多态位点26个,简约信息位点69个。碱基变异位点转换出现的频率明显高于颠换。(A+T)含量(60.3%)明显高于(G+C)含量(39.7%),新疆鹅喉羚线粒体DNA控制区序列富含A+T,并呈现反G偏倚现象。应用DnaSP5.10软件分析132条序列中共发现单倍型71个,各地理种群间有两个共享单倍型(Hap12,Hap31),多数单倍型为该种群的特有单倍型群。平均单倍型多样性为0.979;平均核苷酸多样度为0.018;平均核苷酸差异数为13.702。整个种群的遗传多样性是处于高单倍型多样度和低核苷酸多样度。用MEGA5.10软件中Kimura双参数模型来计算种群内和种群间的遗传距离,天山以北的种群(准噶尔种群)与天山以南的种群(吐哈盆地种群,塔里木东部,西部种群,伊吾县种群)间的遗传距离都最远(0.022-0.027)。有较显著的遗传分化;基因流非常有限,天然避障就是影响基因流的主要因素。用MEGA5.10软件中的邻近法,最小进化法和MrBayes3.2软件中的贝叶斯法来构建鹅喉羚线粒体DNA控制区的单倍型间分子系统发育树,用71个单倍型与指名亚种的4个控制区部分序列构建系统发育树和网络图。系统进化树与网络图均将待分析的全部序列分成3个(Clade A,Clade B,Clade C)进化支,进化支B由准噶尔盆地鹅喉羚种群构成;进化支A则由塔里木盆地东部,西部,吐哈盆地,伊吾县种群还有几个准噶尔盆地的单倍型构成。指名亚种跟准噶尔种群为一个支,说明亲缘关系比较近。从遗传距离来看指名亚种跟准噶尔种群的遗传距离最近,三个支系之间的遗传分化是极显著,所以本研究所用的鹅喉羚样本可以分为两个亚种,即来自塔里木盆地西部,东部,吐鲁番哈密盆地,伊吾县的鹅喉羚为叶尔羌亚种,来自准噶尔盆地的鹅喉羚为准噶尔亚种。利用DnaSP5.10软件,进行中性检验和核苷酸错配分布分析,A支系的(Tajima`s D值为-1.537,P<0.05;FS值为-24.57,P<0.01)达到极显著水平,核苷酸错配分布图为单峰,说明A支系可能经历过种群扩张。B支系的(Tajima`s D值-0.736,P>0.05;FS值为-12.21,P<0.01),核苷酸错配分布图为多峰,说明B支系可能没有经历过种群扩张事件,群体大小稳定或经历过瓶颈效应,但近期可能有扩张事件。用Arlequin做出的AMOVA分析表明新疆鹅喉羚的遗传变异主要存在于种群内部,而不是发生在种群之间。