金丝猴是仰鼻猴属（Rhinopithecus）动物的总称,其中滇金丝猴（Rhinopithecus bieti）仅在我国的四川、云南和西藏三省交界处分布;川金丝猴（Rhinopithecus roxellana）仅在四川、陕西、重庆以及湖北一带分布。随着气候的改变,两种金丝猴对于食物的选择具有季节性变化取食策略,但是由于川金丝猴和滇金丝猴的地理分布位置和食物组成等方面的差异,使得川金丝猴相较于滇金丝猴具有更宽的生态位和更复杂多样的生境。野生动物的健康与其肠道微生物的群落结构是离不开关系的。肠道微生物能够在自然中有选择保留对自身有利的基因,并不断提高其适应力,从而在宿主的营养吸收、物质代谢,信号传导等多种生命活动中起着不可或缺的关键作用,所以对于研究宿主与微生物之间的关系,进而理解宿主和肠道菌群协同演化的过程具有深远的意义。目前,肠道微生物组成与其生态位宽度和生境复杂度差异的响应机制也未见报道。因此,我们通过高通量测序技术对位于云南白马雪山保护区的滇金丝猴和位于四川小河沟保护区的川金丝猴的肠道微生物组成进行了初步探究,比较性别对肠道微生物群落组成的影响,以及不同金丝猴肠道微生物组成的差异,以期给金丝猴的栖息地选择和繁衍生息提供理论基础和参考。研究结果如下:（1）滇金丝猴和川金丝猴肠道菌群的优势菌门均为厚壁菌门Firmicutes（滇金丝猴:68.71%±11.65%;川金丝猴:72.49%±16.73%）和拟杆菌门Bacteroidetes（滇金丝猴:72.49%±12.76%;川金丝猴:15.82%±7.09%）,该结果与多数灵长类相关研究相同。（2）不同性别的滇金丝猴和川金丝猴肠道菌群在各个分类水平上具有显著性差异,但性别这一因素并不是影响肠道菌群组成的决定性因素。因此还需要进一步分析具体的影响机制。（3）滇金丝猴和川金丝猴肠道菌群多样性具有显著性差异,相较于滇金丝猴,川金丝猴的肠道菌群显示出了多种糖的利用率和能源产生能力,而滇金丝猴具有较强的纤维素分解能力。我们推测这些肠道微生物组成和功能的差异,有利于川金丝猴对更多食物成分的适应和更高的能量需求。在后续的研究中,我们将从金丝猴的食物营养成分、年龄组成、家庭单元和季节变化等因素进行实验设计,从而深入分析,提高对于非人灵长类动物的认识。本研究成果对于制定不同生境下金丝猴的保护策略、预防金丝猴感染细菌性疾病,进而提高金丝猴种群数量具有一定的理论意义。根据研究结果,我们提出以下保护管理意见与建议:（1）加强宣传教育和监督,提高保护意识;（2）加强区内原始植被的保护;（3）加强川金丝猴和滇金丝猴的生境监测与管理。