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通过RT-PCR，获得了玉米粗缩病病原湖北分离物(Hbm)基因组片段S9的全长cDNA克隆，并测定了它的全序列。Hbm-S9全长1900bp，含有两个非重叠的开放阅读框(ORF)，ORF1起始于52-54 nt的AUG，终止于1093-1095 nt的UGA，推测编码一个由347个氨基酸组成、分子量约为40kDa的蛋白(P9-1)。ORF2起始于1160-1162 nt的AUG，终止于1786-1788 nt的UAA，推测编码一个由209个氨基酸组成、分子量约为24kDa的蛋白(P9-2)。序列分析表明，Hbm-S9与水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)中国不同分离物之间的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为94.4-98.9％和96.0-99.0％，且与日本RBSDVS9的序列同源性高于与玉米粗缩病毒S8的序列同源性。此结果进一步证明了引起我国玉米粗缩病的病原为RBSDV。 SDS-PAGE分析表明，经IPTG诱导，RBSDV Hbm-S9编码的蛋白可在大肠杆菌中高效表达。并以Hbm-S9 ORF1表达的蛋白为抗原，免疫家兔，制备了Hbm-P9-1抗血清。用Western blot方法，在感染Hbm病毒的玉米植株中可检测到Hbm-S9 ORF1编码的蛋白。 另外构建Hbm-S3-5＇端、Hbm-S3-3＇端的原核表达载体，分别在大肠杆菌中成功表达并纯化了目标蛋白，并以此为抗原免疫家兔制备了抗血清。Western-blot显示由P3-N端和P3-C端蛋白制备的血清都与感染RBSDV(Hbm)表现明显粗缩症状的玉米病叶产生特异性反应，并且免疫印迹位置与Hbm-S3核苷酸序列推测的蛋白分子量大小相符。而P3-C端蛋白制备的血清与粗提纯的RBSDV病毒粒子有特异的免疫学反应。据此推测Hbm-S3编码的蛋白可能为结构蛋白，其生物学性状有待进一步研究。