紫菜(Porphyra)属红藻门(Rhodophyta)红毛菜科(Bangiacea),广泛分布于从寒带到亚热带的潮间带水域,是海藻栽培业的主要对象,具有重要的经济价值。近年来,随着紫菜栽培业规模的逐年扩大,人们对紫菜栽培的科技含量,尤其是对优良品种的供应和科学管养技术的开发等方面要求越来越高。然而,由于多年来紫菜养殖基本基本从野生系获取种菜,缺乏必要的品种选育,所以大量栽培的紫菜不仅对环境的适应能力以及抗病害的能力有所下降,而且对周边地区的自然种造成了影响及污染。所以,应该及时有效地利用分子生物学手段对我国沿海紫菜资源进行遗传多样性调查,了解各个自然种及养殖种的遗传特性并寻找其特异性标记,以便品种选育及改良,种质资源保护等工作方面顺利展开。条斑紫菜是一种很好的遗传学和分子生物学研究对象。近年来,条斑紫菜相关研究进展迅速,取得了一批创新性的成果。本研究首先以条斑紫菜叶状体作为实验材料,对扩增片段长度多态性(AFLP)反应体系进行了建立和优化,建立适合于紫菜叶状体的AFLP反应体系。通过对AFLP反应体系常规流程中的实验材料选择、基因组DNA的提取、酶切时间和预扩稀释倍数等步骤的优化,初步建立了适合紫菜叶状体的AFLP反应体系。选用青岛海水第一浴场和第二浴场的条斑紫菜作为实验对比。实验中DNA的提取采用改进的CTAB方法,并利用液氮研磨、添加石英砂、增加裂懈时间等方式进行了优化。酶切时间选用3、5、7小时作为对照,经琼脂糖凝胶电泳和分光光度法检测发现5小时时间的酶切效果最好,稀释倍数选用5倍、10倍、2倍0、30倍、40倍,经琼脂糖凝胶电泳、分光光度法和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测发现稀释40倍效果最好。连接反应16℃连接过夜,预扩选用E+A和M+C引物,选扩选用B1、B2和B4引物,然后聚丙烯酰胺凝胶采用银染方法进行显色。建立适宜AFLP方法对紫菜叶状体基因组进行分子标记,将为紫菜分子生物学的进一步研究奠定基础。为深入了解条斑紫菜之间的遗传多样性,本实验利用扩增片段长度多态性技术(Amplified Fragment Length Polymorphism, AFLP)分析了13个条斑紫菜品系,在80对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,共扩增出619条谱带,每对引物扩增带数为40～77条,并目各对引物扩增结果均显示样品间存在差异。共得到609条多态性条带,多态位点的比例高达98.38%。根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(D)和相似性系数(GS)。聚类结果显示品系海安与2室间的遗传相似系数较高而聚合在一起,不同样品间的相似性系数介于0.595～0.845之间。结果表明条斑紫菜的遗传多样性极为丰富,而部分材料间的遗传距离有随地理间距增大而逐渐增大的趋势。聚类分析反映了目前条斑紫菜养殖品种间存在着相互混杂。