作为社会管理和公共服务职能的主要载体之一，我国的事业单位是政府经济和社会管理不可或缺的一部分，无论是对于国民经济发展，还是在国计民生领域，都起到举足轻重的作用。经营性事业单位是我国事业单位改革的主要对象。在我国，经营性事业单位与普通的事业单位最大的区别就是存在经营性收入，但是它们使用的会计核算模式是一样的。由于目前我国的事业单位会计核算模式存在着资产核算方式不科学、内部控制制度不完善、会计核算基础不适用、成本核算不合理等问题，随着市场竞争的日趋激烈，经营性事业单位的问题变得更加凸显，如不及时解决，必然成为我国事业单位改革的绊脚石。因此必须从资产管理、内部监督、会计基础选择和成本控制等方面改善会计核算方法，从而建立起科学的会计核算制度，促进事业单位改革的稳步进行。本文通过分析研究经营性事业单位会计核算模式存在的问题并提出一些可行性建议，希望能为会计核算与经营性事业单位改革实现同步发展提供借鉴。