专项经费是用于支持高校各项项目顺利开展的重要资金，是高校各项项目得以成功的重要保障，对高校的教育发展及综合能力的提升有着至关重要的作用。近年来，我国高校无论是在学生人数方面，还是在教学规模方面，均出现较大的变动，高校高等教育事业得到了健康、稳定及迅速的发展，为社会输送成千上万的人才，促进我国综合国力的提升。而在高校教育事业迅速发展的同时，其专项经费也得到较快地增长，而在专项经费绩效管理过程中，高校还存在着较多的不足之处，这些不足之处极大影响其专项经费的使用效率，降低专项经费的使用价值，因此高校在专项经费绩效管理过程中，必须不断强化管理，致力于构建科学、合理的专项经费绩效评价体系，为学校的专项经费绩效管理提供一个较为全面、系统、科学的依据，以便能够对学校专项经费的投入使用进行科学的指导，提高专项经费的使用效率，提升高校的综合办学水平。本文主要围绕高校专项经费的绩效管理进行分析与探讨，其可以分为六个部分。第一部分为本论文的绪论，主要分析本论文的研究背景、研究意义、国内外研究现状、研究内容、研究方法及创新点等；第二部分为基本概念及理论基础，主要解释了一些相关或是相对重要的概念，介绍高校专项经费绩效管理的理论体系和内容，并给出了高校专项经费绩效管理的实施步骤；第三部分主要阐述目前我国在高校专项经费绩效管理方面存在的问题及其产生的原因，在此基础上提出加强高校专项经费绩效管理的相关对策；第四部分主要就如何构建高校专项经费绩效评价体系进行了研究，包括评价依据、评价内容、评价原则、评价方法及相应的评价指标等；第五部分主要为实证分析，以S大学优势学科项目为例，在结合层次分析法的基础上，对其专项经费绩效管理进行实证研究，以增加本论文的说服力；最后一个部分主要为总结和展望，即通过以上各章节的研究，得出论文的结论，总结论文研究的不足之处并提出展望。