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本工作聚焦在迄今系统关系高度混乱和不明的部分低等纤毛虫类群以及寡毛亚纲等阶元的分子系统学探讨,所涉种类普遍为国际间相关分子生物学信息欠缺类群。本工作同时在国际基因数据库GeneBank上发表了50余种的小亚基核糖体等基因序列,丰富了所涉类群的分子信息。研究共涉及5大类群:核残迹类(Karyorelictea),钩刺类(Litostomatea: Haptorida + Pleurostomatida),管口类( Phyllopharyngea: Cyrtrophorida ) ,咽膜类( Oligohymenophora: Peniculia),寡毛/环毛类(Spirotrichea: Oligotrichia + Choreotrichia)。主要工作包括:1)首次在标记性基因分析基础上证明,传统分类中所认为系“单元发生”的多个类群,包括2个目(Chlamydodontida, Loxodida)以及两个著名属(Frontonia, Strombidium)实际均为“多元发生系”,为这些阶元内类群的进一步划分、进化起源和亲缘关系的重新建立提供重要证据。2)首次为作者等所建立的5个纤毛虫新属(Parduczia, Trachelotractus, Siroloxophyllum, Spirostrombidium, Parallelostrombidium)建立的合理性提供分子系统学证据。3)对最为“原始”的纤毛虫类群-核残迹类进行了全面厘定,并获得了“具有重要进化意义”(注:来自所发表文章审稿意见)的关键类群Kentrophoridae科的分子信息。根据其分子序列信息并结合其独特的形态/生态学特征,作者建议将Kentrophoridae科提升为目。4)首次对管口类纤毛虫进行了迄今最全面的分子信息采集和小亚基核糖体基因的序列测定,包括长期不明的2亚纲18种管口类纤毛虫的序列,该工作显著地丰富了该类群的分子信息。在添加了齿管目若干关键种的分子信息后,对该目的3个代表科进行了系统关系讨论,确认齿管目为多元发生。首次提出各分类系统中均归于哈特曼虫科(Hartmannulidae)的Microxysma属应归属于偏体虫科(Dysteriidae)。5)在橄榄宽管虫(Aegyriana oliva)的小亚基核糖体基因中发现3个Group I内含子,Aol.S516, Aol.S943, Aol.S1506,此为纤毛虫中第4例被发现含有小亚基核糖体基因Group I内含子的种。Aol.S516是首次在小亚基核糖体基因第516个碱基处所发现的内含子,也是首次在纤毛虫中所发现的IE亚型Group I内含子。6)对寡毛亚纲长期系统地位混乱的12个属种的系统位置做了调整和确认。确认了螺体虫(Laboea)应归属于曳尾虫科(Tontoniidae)。并提出“左旋的体动基列”应是曳尾虫和螺体虫的共源性状,推翻了前人长久以来所推测的“该性状可能来自趋同进化”的观点。