规模化养殖获得较大经济效益的同时,也面临着疾病的挑战。对于疾病的挑战,防疫是一部分,但是从长远看,如果能够从根源上寻找途径,培育抗病新品系,减少疾病发生的机会,这不仅能给养殖业带来长远的利益,还可以提高猪肉的食品安全。目前,对于猪的抗病力分子机制有些研究,筛选了一批候选基因和SNP位点,但是真正的致因突变很少,而且不同品种间对病原感染的抗性具有较大差异,具体机制未知。CD4+T细胞是一类重要的免疫细胞,在机体抵抗细菌及病毒感染方面发挥着重要作用。本实验室前期在应用杜洛克与二花脸建立的F2群体中,对可能影响CD4+T细胞水平的调控位点进行了SNP芯片的GWAS分析,发现CD4基因位于最显著的一个单倍型Block中;进一步研究发现CD4基因存在两种单倍型,并且两种单倍型的分布在中外猪种中存在差异,国内猪种普遍为A单倍型,而国外猪种普遍为B单倍型。本研究从个体水平和细胞水平比较了CD4基因两单倍型之间的差异,并探究了造成这种差异的关键突变位点,得到了以下结果:（1）猪CD4基因存在多种选择性剪切方式,我们共鉴定出6种,分别为CD4fl（全长CDS）、CD4Δ4（第4外显子缺失）、CD4Δ8（第8外显子缺失）、CD4Δ4Δ8（第4、8外显子同时缺失）、CD4Δ4’Δ5’（第4外显子与第5外显子均部分缺失）、CD4Δ4’Δ5’Δ8（第4外显子与第5外显子均部分缺失,第8外显子完全缺失）。在鉴定的6种剪切体中最主要的为CD4fl、CD4Δ4、CD4Δ8、CD4Δ4Δ8这4种,其中CD4Δ4、CD4Δ4Δ8目前只在本室杜洛克×二花脸F2代群体中发现,在大白猪、长白猪中不存在这两种剪切方式。猪CD4基因两单倍型在个体水平的选择性剪切存在差异,A单倍型选择性剪切方式比B单倍型多,并且CD4Δ4只在A单倍型中存在,CD4Δ8这种剪切方式占总选择性剪切方式的比例在A单倍型中比B单倍型中高,CD4Δ4Δ8占总选择性剪切方式的比例在A单倍型中也比B单倍型中高。（2）猪CD4基因两单倍型个体之间存在差异表达基因,差异基因主要有TNFα、CD14、IL1β1、IL1A等,这些基因调节Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路等。（3）猪CD4基因两单倍型的CD4蛋白表达存在差异,B单倍型的表达更高。此外,我们鉴定了影响CD4膜蛋白正常表达的关键突变位点,这些关键突变位点主要集中在CD4-Ig-like的V1区,该区主要是CD4分子与MHCII类分子结合的区域。（4）猪CD4基因两单倍型与CD4流式抗体（克隆号74-12-4）的结合能力存在差异,A单倍型不能和抗体结合,而B单倍型能与抗体结合。此外,我们鉴定了影响CD4和CD4流式抗体结合的关键突变位点也主要集中在CD4-Ig-like的V1区。上述结果说明猪CD4基因的两种单倍型之间存在差异,这种差异可能是不同猪种之间免疫差异的遗传背景之一,这将为抗病育种提供理论依据。