非酒精性脂肪肝病患者和正常人群的唾液菌群的分析

来源 :南方医科大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:shaoqing5320
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背景与目的非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)通常是指多种原因引起的脂肪在肝脏中异常积累,目前已经超越病毒性肝炎成为全球第一大肝病。研究发现肠道菌群与其发病关系密切。口腔菌群对远端消化道菌群的组成具有重要作用。口腔菌群随着唾液吞入消化道以及血液循环进入消化道远端。我们推测口腔菌群与NAFLD也存在一定相关性。因此,本研究通过无创的方法收集患者的唾液,检测口腔菌群的多样性,探讨口腔菌群与NAFLD的关系,为早诊早治和可干预的细菌标志物奠定基础。方法在广东省人民医院(广东省医学科学院)体检中心及门诊,根据诊断及排除标准并结合病史,最终收集实验组即非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的成年患者24例和正常对照组(HC)健康成年志愿者22例。按要求收集入选者的唾液标本、提取唾液细菌DNA。运用16sRNA方法扩增V4-V5保守区、然后将扩增的PCR进行纯化处理,并按照 NEBNext(?)UltraTM DNA Library Prep Kit for Illumina(?)标准流程进行建库操作,最后是对已建的扩增子文库使用Illumina Hiseq2500 PE250测序平台进行测序。将获得的数据进行OTU聚类和分析。结果本研究的纳入对象NAFLD组及HC组分别为24例和22例。两组受试对象在年龄、种族及性别方面无差异(P>0.05),其中非酒精性脂肪组平均年龄42.5±9.5岁,正常对照组平均年龄39.9 ± 12.9岁。将Illumina Hiseq2500 PE250测序平台得到的数据进行处理和质控后NAFLD组和HC组的唾液样本共获得1799438条序列,平均每个样本获得的序列39118条。NAFLD组获得序列平均为38152条,HC组获得序列平均为40172条。构建OTUs的Tags数目平均为21797条。NAFLD组和HC组的平均OTUs分别约308±48、305±53。Alpha多样性分析:α多样性参数Chaol值和Ace值比较及Shannon指数、simpson指数以及PD_whole_tree值,发现NAFLD组和HC组唾液菌群的整体含量并未发生明显改变,同时菌群多样性方面差异较小。Beta多样性分析中的主坐标分析(Principal Co-ordinates Analysis,PCOA)示,NAFLD 和 HC 两组总共46个样本出现不同程度的混杂利用PC1-PC2坐标系无法完全分开。两组唾液样本的唾液菌群分别在门、纲、目、科、属水平进行了分析,NAFLD组和HC组在各水平菌群的构成上差别不大,获得375个属,247个科,161个目和87个纲它们归属于37个门的菌类。位于前10的门水平物种均为:拟杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、SR1、螺旋体门、放线菌门、无壁菌门、GN02、酸杆菌门;纲水平前8菌为:拟杆菌纲、梭状芽胞杆菌纲、β-变形杆菌纲、γ-变形杆菌纲、梭形杆菌、产黄菌、芽孢杆菌、螺旋体;目水平前8的菌群分别为:拟杆菌目、梭菌目、奈瑟菌目、巴斯德氏菌目、梭杆菌目、黄杆菌目、乳杆菌目、螺旋体目;科水平位于前10位的菌群为:普雷沃氏菌科、韦荣球菌科、奈瑟球菌科、巴斯德菌科、梭形菌科、紫单胞菌科、[Paraprevotellaceae]、黄杆菌科、链球菌科、螺旋体科;在属水平上排名前10的菌分别为韦永氏球菌属、嗜血杆菌属、梭菌属、普氏菌属、奈瑟氏菌属、[Prevotella]、嗜二氧化碳噬细胞菌属、卟啉单胞菌属、杆菌属、链球菌属。通过对两组的唾液样本进行LEfSe分析发现,有显著差异的物种达21种。普雷沃菌属、普雷沃氏菌科、melaninogenica、披毛菌属、披毛菌目、披毛菌科、solibacteraceae、酸杆菌门、芽孢杆菌纲、乳杆菌目、链球菌科、链球菌、Gemellales、Carnobacteriaceae、Granalicatella、ochracea、planctomycetia、棒状杆菌、棒状杆菌科、BSV43。其中前8种在HC组中富集,后13种在NAFLD组中富集。结论NAFLD组和HC组的唾液样本在门、纲、目、科和属水平菌群的构成基本相同,但在各个水平上菌群的相对丰度表现出差异,NAFLD组厚壁菌门包括芽孢杆菌纲、链球菌科、链球菌、乳杆菌目丰度明显增高,而HC组普雷沃氏菌科、melaninogenica、普雷沃菌属等所属的拟杆菌门丰度相对升高。以上结果均提示相较于HC对照组,NAFLD患者的唾液菌群的厚壁菌门相对丰度明显升高,我们推测NAFLD与唾液菌群失衡存在一定关系。
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