白玉石籽是三白石榴的芽变品种,对白玉石籽和三白石榴主要经济性状对比研究表明,两者在成熟期、采前裂果、耐贮性和抗逆性等方面无明显差异。模糊综合评判结果,白玉石籽综合经济性状明显优于三白石榴。白玉石籽变异性状的突出表现为百粒重增加84.3%,种子硬度变软。前期的试验研究发现,石榴籽粒硬度呈双峰曲线,控制石榴籽粒硬度的基因中可能存在主效基因。试验以三白石榴和白玉石籽为研究材料,探索了两者之间基因组DNA的差异,寻找与石榴软籽性状相关的基因标记,并对其进行克隆测序,转化为SCAR(Sequence characterized amplified region)标记。为软籽石榴品种选育提供了分子生物学依据。采用改良CTAB法提取石榴叶片基因组DNA,对RAPD反应中的Taq酶浓度、模板DNA浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度及随机引物浓度进行了逐个优化,建立了石榴基因组DNA RAPD-PCR分析的适宜反应体系:反应总体积25μl,其中Taq酶1.0U,引物0.3μmol/L,dNTPs 0.2mmol/L,MgCl2 2.0mmol/L,模板DNA 40ng /μl。从113个随机引物中筛选出能够扩增出特异带的引物9个,共扩增出特异带11条。说明白玉石籽在DNA水平上呈现了较大范围的变异。以筛选出的9个引物重复扩增,选择了稳定性较好、条带清晰的特异带3条进行分离纯化。将纯化的目的片段连接到PMT18-T载体上,再转移到大肠杆菌进行扩增,然后进行菌落PCR检测;以过夜培养的菌液进行目的片断测序。根据测序结果,利用Primer Premier 5.0软件分析设计出大小18～22bp的特异引物,以白玉石籽和三白石榴的基因组DNA为模板进行SCAR-PCR扩增。结果表明,分离纯化的3个目的片段,有两个均存在于白玉石籽和三白石榴中,其分子量大小分别为562bp和804bp,说明这两条RAPD特异带并不是真实存在的SCAR标记;在白玉石籽中扩增出的分子量为537bp的特异带,在三白石榴未出现,说明白玉石籽与三白石榴存在此变异位点。本试验成功地将白玉石籽变异的RAPD标记转化为SCAR标记。试验结果为将石榴RAPD标记转化为SCAR标记提供技术体系;为今后利用RAPD标记进行石榴果实性状控制基因定位与作图和利用图谱克隆(Map-based cloning)果实性状基因提供DNA证据;为石榴软籽品种或大籽粒品种选育的早期鉴定提供参考依据。