党的十八大提出了创新驱动发展战略,将科技创新摆在国家发展全局的核心位置。高等院校作为科学研究的主要阵地,一直以来在科技创新中扮演了重要角色,相关的科研经费投入也不断快速增长。然而,近年来高校频繁曝光的科研经费使用与管理违纪违规案件也引起了社会各界的广泛关注,不仅给国家造成损失,也给高校自身带来较负面的社会影响,由此自然引发了对高校科研经费内部控制的讨论与反思。同时,高校现行的科研经费内部控制制度引发科研人员的抱怨日益增多,经费管理顶层设计不尽合理、日常管理繁文缛节过多、报销难、效率低等问题都较严重地影响了科研人员的科研动力与积极性。国家层面虽然已为此推出若干重大改进政策与措施,但如何落实到位非一朝一日之功。因此,目前正是高校改进和完善科研经费内部控制制度的关键时期。本文正是基于上述背景与动机,以案例分析法为基础,结合访谈法对高校科研经费内部控制进行研究。首先,通过对与科研经费内部控制有关的国内外文献进行回顾,分析了现有的研究状况与存在的问题;其次,对我国科研经费的风险特征与内部控制现状进行了分析;再次,以ZN高校为具体个案,对ZN高校的概况、科研经费管理结构和科研经费来源情况进行了介绍,从制度、流程、效率三个视角分析了内部控制现状,对ZN高校科研经费内部控制存在的问题和原因进行了深入分析;最后,从上述三个视角提出改进我国高校科研经费内部控制的建议。通过研究,本文认为高校科研经费内部控制主要存在缺乏统一的领导机构、制度设计不完善、流程控制存在薄弱环节和内部控制缺乏效率等问题,产生这些问题的主要原因在于各职能部门分散管理、沟通协调不紧密、预算管理制度不健全、评价与激励制度不完善和科研经费内部控制各方的利益差异较大等,应从制度、流程、效率三个视角进行改进。制度层面:成立专门机构,协调统一领导;完善制度体系,重视评价和激励;推进制度转型,兼顾合规与效率。流程层面:搭建信息平台,促进流程整合;改进预算管理,增强预算科学性;加强支出控制,防范贪腐风险;强化资产控制,保障资产安全完整。效率层面:树立效率观念,培育效率文化;定期开展效率评价,改善低效环节。本研究的主要贡献在于,不仅从科研经费内部控制流程角度进行分析,而且从制度和效率视角,对科研经费内部控制制度体系、制度导向和内部控制效率进行分析,充分考虑国家政策背景,较早地对科研经费内部控制效率给予关注,拓展了有关研究的研究视角,丰富了有关的理论成果,提出的优化措施具有一定的创新性与针对性。