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林麝（Moschus berezovskii）作为我国重点保护的Ⅰ级珍稀濒危野生动物，具有极高经济价值。林麝人工养殖是目前有效保护林麝野生资源的重要手段之一。针对镇坪林麝饲养管理水平低下，缺乏科学的养殖标准，谱系混乱、近亲繁殖现象凸显等现状，本文提出保护镇坪林麝遗传多样性的科学依据，并建议制定了符合林麝养殖的规范化生产标准操作规程（SOP）。在林麝遗传多样性方面，通过两种提取程序对比，建立简单快捷的毛发DNA提取方法，探讨使用毛发样品进行遗传多样性研究的可行性；采用微卫星标记法测定林麝养殖群体多态性，结合UPGMA法构建林麝种群内聚类图。结果如下：1.利用PCR仪法与水煮法对提取的总DNA进行比较分析，表明PCR仪法提取效果高于水煮法。在样品毛发数量一致的情况下，PCR仪法所提DNA浓度高（平均浓度为107.7ng/μL）。PCR扩增后两种方法均可获得PCR产物，但PCR仪法条带更清晰。通过PAGE检测显示，PCR仪法扩增后的产物条带更为清晰，有效满足PAGE检测目的，证明运用PCR仪法提取的毛发DNA可以作为林麝遗传多样性的研究。2.采用8个微卫星标记，对镇坪麝场16头林麝的遗传多样性进行了检测和评估。结果显示，8个微卫星位点共检测到50个等位基因，每个位点平均6.25个，观测杂合度（observed heterozygosity，Ho）为0.1667~1.0000，平均观测杂合度为0.847，期望杂合度（expected heterozygosity，He）为0.7667~0.8857，平均期望杂合度为0.819，多态位点的PIC为0.696~0.844。通过χ2检验和G统计检验显示，1个微卫星位点（Mb41）处于Hardy-Weinberg平衡状态，其余7个微卫星位点均极显著偏离平衡状态（P<0.01）。3.通过对种群内的个体进行聚类分析，采用UPGMA法构建了种群内聚类图，分析个体间的亲缘关系可知，所得结果与麝场提供的谱系一致，结果可靠。4.通过对镇坪林麝麝香进行GC-MS成分分析，确定了15种化合物，以麝香酮含量最高，其次是3-羟基-雄甾-17-酮和胆固醇，另外还有其他甾体和大环酮类物质等。综上所述，本文首先分析镇坪林麝养殖群体的遗传多样性，构建亲缘关系树，完善了林麝种群的繁殖信息，对后期进行种群繁殖配对计划的制定，及避免近交衰退提供了科学的参考依据；其次，通过对镇坪麝香进行成分分析，为镇坪林麝麝香的地理标识认证提供了基础数据。本研究最终目的为科学合理地制定林麝养殖遗传资源保护策略提供理论依据。