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红毛山楠(Phoebe hungmaoensis S．Lee)是分布于我国热带地区的樟科(Lauraceae)楠属常绿乔木，由于人为干扰、生境破坏，红毛山楠被列入《海南省省级重点保护野生植物名录》。本研究采用AFLP及ISSR两种分子标记技术检测了海南岛红毛山楠5个自然居群150个个体的遗传多样性及遗传结果，研究结果如下：
(1)应用6对AFLP荧光引物，共扩增出952位点，其中多态性位点为938个。在物种水平上，多态位点百分率PPL为98.53％，观测等位基因数na与有效等位基因数ne分别为1.9853和1.3199，Neis基因多样性指数H与Shannon信息指数1分别为0.1978和0.3148。这些结果反映了海南岛红毛山楠具有很高的遗传多样性。
(2)应用10个ISSR引物，共扩增出98个位点，其中多态性位点为93个，多态位点百分率为94.90％。在物种水平上，多态位点百分率PPL为94.90％，观测等位基因数na与有效等位基因数ne分别为1.9490和1.3476，Neis基因多样性指数H与Shannon信息指数Ⅰ分别为0.2223和0.3561，与AFLP结果较接近。
(3) AFLP与ISSR两种分子标记得出的Neis遗传分化系数Gst分别为0.1172和0.1909，即红毛山楠的遗传变异主要存在于居群内的个体间。AFLP与ISSR检测出的基因流Nm分别为3.7648和2.1194，两者都远远大于1，说明居群间基因交换较强烈。
(4) Mantel test检测结果表明，AFLP标记检测的红毛山楠5个自然居群的居群间遗传距离和地理距离之间之间不存在显著的正相关关系(r=0.1990，P=0.7450)。这与ISSR的检测结果，居群间遗传距离和地理距离之间存在显著的相关关系(r=0.0140，P=0.9910)不同。
(5)在物种水平上，AFLP与ISSR的分析结果较一致，但在居群水平上，各居群多样性高低排序存在较大差异。利用Mantel test对基于两种标记的遗传一致度矩阵进行相关性分析，结果表明，两种标记分析的遗传一致度间没有显著地相关性(r=0.4777，P=0.9190)。
(6)作为分布于广西、海南和越南的广布种，红毛山楠遗传多样性高，适应性强，其致濒的原因，主要是人为因素造成，应加强就地保护，迁地保护及选育研究。