定量构效关系(QSAR),分子对接和分子动力学是计算机辅助药物分子设计的重要手段。本学位论文利用计算机辅助分子设计的方法对HIV-1和戈谢病抑制剂展开了研究,探讨了影响药物活性的结构特征,并探究了该类药物与相关蛋白之间的相互作用。第一章对计算机辅助药物分子设计中经常用到的QSAR建模(2D-QSAR和3D-QSAR)方法进行了综述。对分子对接和分子动力学的理论及有关背景,和相关软件的使用进行了简单介绍。第二部分分为三章,分别探索了计算机辅助分子设计在HⅠV-1与戈谢病抑制剂中的实际应用。第二章和第三章的研究对象都是HIV-1抑制剂。在第二章中,通过对一系列的HIV-1NNRTIs进行3D-QSAR和分子对接,得到了影响药物活性的化合物结构因素,并依据这些影响因素进行了新药物分子设计。对新药物分子进行了理论上的活性预测,并且通过计算新药物的键能等化学性质说明了新药物的稳定性等。新药物在理论上表现出了比原有药物更好的生物活性。第三章,通过对一系列HIV-1药物DCP和DCK衍生物进行3D-QSAR得到了活性影响因素,并且以活性最高的化合物为代表进行了分子对接和分子动力学研究,从药物与蛋白的相互作用方面研究了蛋白的柔性和稳定性等。第四章对戈谢病抑制剂类药物进行了研究。在这个工作中先进行了分子对接,得到各个化合物生物活性构象,并且通过分析对接过程中得到的各种能量,得到了药物与蛋白之间的作用模式。接着进行了2D-QSAR和3D-QSAR研究,2D-QSAR挑选出来的描述符和3D-QSAR的各个等势图都能够反映结构对活性的影响,这些结果可以用来指导新抑制剂的合成。